@fbdddfc25b78 參考前面的vcf文件格式整理
BSA分析（七）——DeepBSA本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫，軟件操作十分簡單，所以內(nèi)容不再特別詳細(xì)的介紹。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segregant Analysis（B...
IP屬地：天津
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@Kepler_daf2 可以
BSA分析（六）——QTLseqr包
前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測（主要是為了提高比對和變異檢測效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點：一是內(nèi)容比較簡單，覺得可能用處不大；二...
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@Kepler_daf2 可以的
BSA分析（六）——QTLseqr包
前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測（主要是為了提高比對和變異檢測效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點：一是內(nèi)容比較簡單，覺得可能用處不大；二...
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R可視化——ggplot2繪制柱狀堆積圖并添加連線安裝、加載R包 構(gòu)造數(shù)據(jù)并對其進行處理 繪圖 1、繪制柱狀堆積圖 2、使用ggplot2拓展包ggalluvial重新繪制并添加連線 模板代碼 更多精彩歡迎大家關(guān)注微信公眾號...
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BSA分析（八）——OcBSA背景 雙親高度雜合（親本由多個單體型構(gòu)成）的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想，因為在混池中有多等位基因的干擾。OcBSA就通過解析兩個雜合親本的4條單體型在后...
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BSA分析（七）——DeepBSA本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫，軟件操作十分簡單，所以內(nèi)容不再特別詳細(xì)的介紹。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segregant Analysis（B...
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vcf文件過濾親本純合且差異位點
了解過vcf文件的格式之后，對親本純合且差異的位點進行過濾就變得簡單多了。如果格式規(guī)范的話一行awk命令其實就能解決。這里為了提高腳本的適用范圍，所以寫的稍微麻煩了些。 腳本...
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BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測（主要是為了提高比對和變異檢測效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點：一是內(nèi)容比較簡單，覺得可能用處不大；二...
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染色體拆分VCF文件合并
本篇帖子的分享內(nèi)容主要也是和前面大基因組拆分相呼應(yīng)的，利用前面拆分的基因組文件，對變異檢測結(jié)果文件中拆分的染色體部分進行合并，并輸出最終結(jié)果。 腳本內(nèi)容如下： 往期內(nèi)容 大基...
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BSA分析（五）——變異檢測及樣本合并
本文中vcf文件的獲取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模塊，該模塊的原理大概如下： 定義active regions 沿著參考基因組以一定的窗口滑動，統(tǒng)計比...
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BSA分析（四）——序列比對及比對信息統(tǒng)計
拿到質(zhì)控后的數(shù)據(jù)就可以開始進行數(shù)據(jù)的比對了。（這里復(fù)習(xí)一下）需要確定好參考基因組，參考基因組選擇標(biāo)準(zhǔn)：質(zhì)量高、完整、和某一親本相近（是親本之一的基因組當(dāng)然更好了） 比對軟件 ...
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BSA分析（三）——測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控關(guān)鍵詞：BSA分析，測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，F(xiàn)astQC，Trimmomatic，去接頭序列 數(shù)據(jù)格式 一定要先搞清楚數(shù)據(jù)的格式，才能進行進一步的數(shù)據(jù)整理。我們拿到測序數(shù)據(jù)基本是fas...
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BSA分析（二）——分析準(zhǔn)備工作關(guān)鍵詞：BSA分析，群體構(gòu)建，性狀選擇，測序數(shù)據(jù)性狀選擇、群體構(gòu)建、測序數(shù)據(jù)以及參考基因組是BSA分析結(jié)果成功的關(guān)鍵。所以在準(zhǔn)備進行BSA分析之前一定要結(jié)合實際情況（人力、財...
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BSA分析（一）——原理及發(fā)展史背景及原理 BSA（Bulk Segregation Analysis）最早是由Michelmore等人（Michelmore et al., 1991）提出，該實驗室起初是...
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4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的柱狀輪廓圖?。。。?！需要腳本留言可取?。。。?！ 摘要 在做WGD分析的時候經(jīng)常見到4Dtv的柱狀圖，同時有很多文章中使用的是柱狀的輪廓圖。在這篇帖子最主要和大家分享一下柱狀輪廓圖繪制方...
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匯總 | 轉(zhuǎn)錄本表達矩陣 到 基因表達矩陣寫在前面 前天，我寫了一個 TBtools 插件，意在讓所有人都能自主分析轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，進而獲得 基因表達量矩陣（TPM） 和 基因讀段計數(shù)矩陣（Count）。已經(jīng)提過了，...
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我是單親本的BSA,需要做什么特殊處理嗎？為什么按這個方法轉(zhuǎn)化后總是報錯說無法識別AD.LOW
使用QTLseqr進行BSA-seq分析
QTLseqr是一個用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進行過濾，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計值的方法進行定位。我們這次嘗試使用這個R包來替代我們自己...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA應(yīng)用場景與實例解讀WGCNA筆記第二彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實踐 1.WGCNA應(yīng)用場景 不同組織樣品 時間序列樣品：生長發(fā)育，脅迫處理 單個材料：相同處理不...