在生物學(xué)分析中，我們經(jīng)常會針對某個基因進(jìn)行生物學(xué)功能分析，比較常見的包括基因結(jié)構(gòu)預(yù)測，功能注釋，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測（跨膜域，信號肽），同源基因分析，多序列比對，亞細(xì)胞定位預(yù)測，...
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單個基因的生物信息學(xué)分析(1)-基因結(jié)構(gòu)與功能分析 -
基因結(jié)構(gòu)繪圖UTR、外顯子和內(nèi)含子位置和結(jié)構(gòu) 運用在線分析工具GSDS(Gene Structure Display Server)繪制基因內(nèi)含子-外顯子結(jié)構(gòu)圖網(wǎng)址：Gene Struc...
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查找基因的啟動子、UTR、TSS等區(qū)域以及預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點
基礎(chǔ)知識 首先我們了解一些基礎(chǔ)知識（注：文中圖片皆可點擊放大查看?。?啟動子（promoter）：與RNA聚合酶結(jié)合并能起始mRNA合成的序列。轉(zhuǎn)錄起始點（TSS）：轉(zhuǎn)錄時...
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實用 | 優(yōu)雅地提取部分基因結(jié)構(gòu)注釋信息寫在前面 很久很久以前，我就已經(jīng)寫過 GFF3/GTF 注釋信息的部分提取功能。每一個GXF文件，往往包含的兩萬個左右基因（數(shù)萬個轉(zhuǎn)錄本）的外顯子，CDS等信息。而我們一般感...
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進(jìn)化樹+蛋白結(jié)構(gòu)域目標(biāo) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 依然查看help界面的Protein domains 在上傳數(shù)據(jù)的時候我們發(fā)現(xiàn)多了按鈕，可以從PFAM上上傳數(shù)據(jù)，evolview使用的標(biāo)簽名必須與PFAM的...
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【陪你學(xué)·生信】六、當(dāng)你有一段待分析的氨基酸序列
這一推送將簡單介紹： 1.尋找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域 2.簡單預(yù)測序列的理化性質(zhì) 4. 預(yù)測蛋白酶降解位點 5.預(yù)測卷曲螺旋區(qū)域（coiled-coil domains） 6. 預(yù)測翻...
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學(xué)習(xí)筆記-如何閱讀質(zhì)粒圖譜
最近因為新冠肺，遲遲不能上班，在家閑著想著也要學(xué)習(xí)，就查找了和工作相關(guān)的-學(xué)些構(gòu)建質(zhì)粒，那么首先需要學(xué)習(xí)如何看質(zhì)粒圖，下面是這兩天學(xué)習(xí)到的，總結(jié)的記錄一下： 1. 復(fù)制起始位...
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PSORT--蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測1、分析蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位有助于了解：蛋白質(zhì)功能和蛋白質(zhì)互作生物體細(xì)胞器類型：細(xì)胞核蛋白質(zhì)、線粒體蛋白質(zhì)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)、細(xì)胞膜、葉綠體蛋白質(zhì)、高爾基體2、通過生物信息學(xué)在線分...
