AAI計算 EzAAI EzAAI可用于批量計算細菌基因組之間的氨基酸一致性amino acid identity(AAI)。軟件地址:github.com/endixk/e...
一、寫在前面 最近在下載GSA數(shù)據(jù)的時候發(fā)現(xiàn)一個小工具iSeq,簡直太好用了,分享給大家!iSeq的GitHub鏈接:https://github.com/BioOmics/...
Kraken和Kraken2(Kraken的迭代版本)是微生物組分析中最常用的軟件,與其他同功能的軟件相比,在速度快的前提下,準(zhǔn)確性也很高。那么,Kraken究竟是如何做到的...
2024年3月1日更新 推薦直接用最近的新軟件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth],C語言寫的,速度很快。 以下為舊...
Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段(短讀 short reads)“覆蓋”的強度有多大? 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進行bam文件(到fq)的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法,某...
最近在搞一個PCR法病原微生物檢測產(chǎn)品的引物及探針設(shè)計項目,在進行調(diào)研初步了解后,發(fā)現(xiàn)此項目重難點在于序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建及模板序列的挖掘。 序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建主要是因為數(shù)據(jù)量...
請問最后的報告有推薦的軟件嗎,謝謝
一文看懂病原微生物檢測(下篇)作者:biofan審稿:童蒙編輯:amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測(上篇)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
測序數(shù)據(jù)分析軟件,Bowtie是一個超快的,存儲高效的短序列片段比對程序。它能夠以每小時處理2500萬35bp reads的速度,將短的DNA序列片段(reads)比對到人類...
直接看本文最下面下載腳本,區(qū)分SRR長度,下載fq 一、prefetch 下載 cat SraAccList.txt 二、 Ascp 快速下載 批量下載 ,首先創(chuàng)建一個ac...
前言 三代測序錯誤率比較高,一般組裝后需要進行糾錯來提高準(zhǔn)確度。本次介紹使用Pilon通過引入二代測序數(shù)據(jù)來對三代基因組進行糾錯。 Pilon官網(wǎng) Pilon軟件安裝 Pil...
回顧 首先對基因表達分析(上)做一個簡單的回顧 研究基因表達的有如下工具:RNA-Seq,microarray, qRT-PCR等(歡迎補充) RNA-Seq,microar...
簡介 該宏基因組流程主要有四步,分別是1.檢查raw data;2.獲得高質(zhì)量reads;3.合并PE數(shù)據(jù);4. reads map到參考數(shù)據(jù)庫得到profile。 初步想法...
STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
一、前言 最近臨近畢業(yè),寫畢業(yè)論文需要從知網(wǎng)查找大量的文獻。但去知網(wǎng)一條一條進去看摘要又略顯麻煩和浪費時間。于是,反手寫一個爬蟲,批量獲取基本信息,豈不美哉?在開始這個項目之...
提到尋找物種之間的同源基因,大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) ,OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來找直系同...
你要是需要的話 留個郵箱 我發(fā)給你
geneious4.8版本破解轉(zhuǎn)自https://www.52pojie.cn/thread-866737-1-1.html 序列分析軟件,基本上能搞定你可以看到的文獻上序列顯示圖片 不可升級! 解壓,安...