AAI計算 EzAAI EzAAI可用于批量計算細菌基因組之間的氨基酸一致性amino acid identity（AAI）。軟件地址：github.com/endixk/e...
發(fā)簡信
IP屬地：廣西
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生信 | iSeq超便捷！快速下載GSA/SRA/ENA的數(shù)據(jù)以及metadata信息一、寫在前面 最近在下載GSA數(shù)據(jù)的時候發(fā)現(xiàn)一個小工具iSeq，簡直太好用了，分享給大家！iSeq的GitHub鏈接：https://github.com/BioOmics/...
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Kraken的原理淺析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件，與其他同功能的軟件相比，在速度快的前提下，準(zhǔn)確性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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二代測序通過bam文件統(tǒng)計深度和覆蓋度2024年3月1日更新 推薦直接用最近的新軟件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C語言寫的，速度很快。 以下為舊...
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測序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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bam2fastq(bam文件轉(zhuǎn)fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq轉(zhuǎn)換工具 picard中的SamToFastq轉(zhuǎn)換工具 samtools亦可進行bam文件（到fq）的轉(zhuǎn)換 總結(jié)一下 此三種方法，某...
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病原微生物檢測引物及探針設(shè)計
最近在搞一個PCR法病原微生物檢測產(chǎn)品的引物及探針設(shè)計項目，在進行調(diào)研初步了解后，發(fā)現(xiàn)此項目重難點在于序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建及模板序列的挖掘。 序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建主要是因為數(shù)據(jù)量...
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請問最后的報告有推薦的軟件嗎，謝謝
一文看懂病原微生物檢測（下篇）
作者：biofan審稿：童蒙編輯：amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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bowtie2比對軟件的安裝及參數(shù)詳解
測序數(shù)據(jù)分析軟件，Bowtie是一個超快的，存儲高效的短序列片段比對程序。它能夠以每小時處理2500萬35bp reads的速度，將短的DNA序列片段（reads）比對到人類...
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批量下載SRR數(shù)據(jù)直接看本文最下面下載腳本，區(qū)分SRR長度，下載fq 一、prefetch 下載 cat SraAccList.txt 二、 Ascp 快速下載 批量下載 ，首先創(chuàng)建一個ac...
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Pilon | 基因組糾錯
前言 三代測序錯誤率比較高，一般組裝后需要進行糾錯來提高準(zhǔn)確度。本次介紹使用Pilon通過引入二代測序數(shù)據(jù)來對三代基因組進行糾錯。 Pilon官網(wǎng) Pilon軟件安裝 Pil...
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基因表達分析（中）- 富集分析
回顧 首先對基因表達分析（上）做一個簡單的回顧 研究基因表達的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補充） RNA-Seq，microar...
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宏基因組分析：從Raw data到profile的簡單流程
簡介 該宏基因組流程主要有四步，分別是1.檢查raw data；2.獲得高質(zhì)量reads；3.合并PE數(shù)據(jù)；4. reads map到參考數(shù)據(jù)庫得到profile。 初步想法...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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Python爬蟲，批量獲取知網(wǎng)文獻信息一、前言 最近臨近畢業(yè)，寫畢業(yè)論文需要從知網(wǎng)查找大量的文獻。但去知網(wǎng)一條一條進去看摘要又略顯麻煩和浪費時間。于是，反手寫一個爬蟲，批量獲取基本信息，豈不美哉？在開始這個項目之...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是現(xiàn)在用的最多的一款來找直系同...
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你要是需要的話 留個郵箱 我發(fā)給你
geneious4.8版本破解
轉(zhuǎn)自https://www.52pojie.cn/thread-866737-1-1.html 序列分析軟件，基本上能搞定你可以看到的文獻上序列顯示圖片 不可升級！ 解壓，安...
