該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對程序 nucmer 的使用，計算操作見前兩篇推文； 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
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序列比對軟件 MUMmer 結(jié)果文件解讀（三） -
40年來，我人生最大的成功就是遇到我老婆。
40年來，我人生最大的成功就是遇到我老婆。 2012年～2014年，是我人生中最黑暗的時刻。 2012年，我28歲。 那一年，我失業(yè)了。 不是簡單的失業(yè)，是被單位裁員了。 2...
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基因組比對文件（SAM/BAM）中 Soft Clip 與 Hard Clip的含義描述Clip 的含義： Clip 作為名詞講，有剪下來的東西的意義，在SAM/BAM 比對文件里面，用于描述那些一條序列上，在序列兩端，比對不上的堿基序列（還是很形象的，一條上比...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學(xué)導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類文明的大事件。該過程的成功很大程度上要?dú)w功于持續(xù)的人工選擇。本文總結(jié)了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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mamba極速安裝conda包
conda有的時候真是太慢了，無論怎么改鏡像，有的時候真的是慢的想讓我炸掉電腦（看著那個不斷旋轉(zhuǎn)的圈圈就是蛋疼無比）。所以就有人提出了解決方案，那就是mamba。 有的人可能...
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Paragraph對SV進(jìn)行基因分型基于重測序數(shù)據(jù)用于對sv進(jìn)行g(shù)enotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...
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【如何使用Jellyfish進(jìn)行Kmer頻數(shù)統(tǒng)計分析？】2022年版本
軟件概述 將基因組等序列文件，按長度為K的字符串進(jìn)行切割、歸類以及頻數(shù)統(tǒng)計。 軟件安裝 軟件版本：2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔：man jellyfish 接下...
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【生信知識】---Nanopore測序的SV Calling流程搭建！
1.軟件安裝安裝序列比對軟件LAST 安裝sam格式處理工具sambamba 安裝bedtools 安裝結(jié)構(gòu)變異識別軟件NanoSV 2.數(shù)據(jù)測試構(gòu)建用于last比對的ref...
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名詞講解：轉(zhuǎn)座子（TE）、LTR、假基因轉(zhuǎn)座子參考[http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1205415.html]轉(zhuǎn)座子數(shù)據(jù)庫 Trep[http://botserv2.u...
