該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對(duì)程序 nucmer 的使用，計(jì)算操作見(jiàn)前兩篇推文； 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
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序列比對(duì)軟件 MUMmer 結(jié)果文件解讀（三） -
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40年來(lái)，我人生最大的成功就是遇到我老婆。
40年來(lái)，我人生最大的成功就是遇到我老婆。 2012年～2014年，是我人生中最黑暗的時(shí)刻。 2012年，我28歲。 那一年，我失業(yè)了。 不是簡(jiǎn)單的失業(yè)，是被單位裁員了。 2...
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基因組比對(duì)文件（SAM/BAM）中 Soft Clip 與 Hard Clip的含義描述Clip 的含義： Clip 作為名詞講，有剪下來(lái)的東西的意義，在SAM/BAM 比對(duì)文件里面，用于描述那些一條序列上，在序列兩端，比對(duì)不上的堿基序列（還是很形象的，一條上比...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學(xué)導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類(lèi)文明的大事件。該過(guò)程的成功很大程度上要?dú)w功于持續(xù)的人工選擇。本文總結(jié)了過(guò)去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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mamba極速安裝conda包
conda有的時(shí)候真是太慢了，無(wú)論怎么改鏡像，有的時(shí)候真的是慢的想讓我炸掉電腦（看著那個(gè)不斷旋轉(zhuǎn)的圈圈就是蛋疼無(wú)比）。所以就有人提出了解決方案，那就是mamba。 有的人可能...
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山一大在讀博，立足當(dāng)下、熱愛(ài)生活、終身學(xué)習(xí)。
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Paragraph對(duì)SV進(jìn)行基因分型基于重測(cè)序數(shù)據(jù)用于對(duì)sv進(jìn)行g(shù)enotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...
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【如何使用Jellyfish進(jìn)行Kmer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)分析？】2022年版本
軟件概述 將基因組等序列文件，按長(zhǎng)度為K的字符串進(jìn)行切割、歸類(lèi)以及頻數(shù)統(tǒng)計(jì)。 軟件安裝 軟件版本：2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔：man jellyfish 接下...
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【生信知識(shí)】---Nanopore測(cè)序的SV Calling流程搭建！
1.軟件安裝安裝序列比對(duì)軟件LAST 安裝sam格式處理工具sambamba 安裝bedtools 安裝結(jié)構(gòu)變異識(shí)別軟件NanoSV 2.數(shù)據(jù)測(cè)試構(gòu)建用于last比對(duì)的ref...
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名詞講解：轉(zhuǎn)座子（TE）、LTR、假基因轉(zhuǎn)座子參考[http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1205415.html]轉(zhuǎn)座子數(shù)據(jù)庫(kù) Trep[http://botserv2.u...
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VCF變異統(tǒng)計(jì)及繪制染色體分布圖VCF文件的變異分布圖，除了使用Circos圖之外，統(tǒng)計(jì)特定材料間的變異分布情況時(shí)可能會(huì)用到染色體分布圖，為了節(jié)省時(shí)間，實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)及繪圖的自動(dòng)化，現(xiàn)提供統(tǒng)計(jì)數(shù)量用的Python...
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R語(yǔ)言讀取gtf文件這樣讀取gtf文件回比直接使用read.table()好，因?yàn)樯傻膁ataframe能夠比較清楚地分開(kāi)，并且有title。 除了import函數(shù)，rtracklayer包中...
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從gff3/bed提取intron坐標(biāo)及正負(fù)鏈信息工具： bedtools subtract ref：Example usage — bedtools 2.27.0 documentation 注意：分隔符需要是\t 原理：...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常見(jiàn)文件格式查看生信分析過(guò)程中的文件格式：除了原始測(cè)序數(shù)據(jù)fastq、fasta之外，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式。在分析的過(guò)程中還會(huì)有眾多中間文件的生成，如bed、...
