該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對(duì)程序 nucmer 的使用,計(jì)算操作見(jiàn)前兩篇推文; 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手(一)[https://www.j...
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40年來(lái),我人生最大的成功就是遇到我老婆。 2012年~2014年,是我人生中最黑暗的時(shí)刻。 2012年,我28歲。 那一年,我失業(yè)了。 不是簡(jiǎn)單的失業(yè),是被單位裁員了。 2...
Clip 的含義: Clip 作為名詞講,有剪下來(lái)的東西的意義,在SAM/BAM 比對(duì)文件里面,用于描述那些一條序列上,在序列兩端,比對(duì)不上的堿基序列(還是很形象的,一條上比...
導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類(lèi)文明的大事件。該過(guò)程的成功很大程度上要?dú)w功于持續(xù)的人工選擇。本文總結(jié)了過(guò)去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
conda有的時(shí)候真是太慢了,無(wú)論怎么改鏡像,有的時(shí)候真的是慢的想讓我炸掉電腦(看著那個(gè)不斷旋轉(zhuǎn)的圈圈就是蛋疼無(wú)比)。所以就有人提出了解決方案,那就是mamba。 有的人可能...
基于重測(cè)序數(shù)據(jù)用于對(duì)sv進(jìn)行g(shù)enotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...
軟件概述 將基因組等序列文件,按長(zhǎng)度為K的字符串進(jìn)行切割、歸類(lèi)以及頻數(shù)統(tǒng)計(jì)。 軟件安裝 軟件版本:2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔:man jellyfish 接下...
1.軟件安裝安裝序列比對(duì)軟件LAST 安裝sam格式處理工具sambamba 安裝bedtools 安裝結(jié)構(gòu)變異識(shí)別軟件NanoSV 2.數(shù)據(jù)測(cè)試構(gòu)建用于last比對(duì)的ref...
轉(zhuǎn)座子參考[http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1205415.html]轉(zhuǎn)座子數(shù)據(jù)庫(kù) Trep[http://botserv2.u...
VCF文件的變異分布圖,除了使用Circos圖之外,統(tǒng)計(jì)特定材料間的變異分布情況時(shí)可能會(huì)用到染色體分布圖,為了節(jié)省時(shí)間,實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)及繪圖的自動(dòng)化,現(xiàn)提供統(tǒng)計(jì)數(shù)量用的Python...
這樣讀取gtf文件回比直接使用read.table()好,因?yàn)樯傻膁ataframe能夠比較清楚地分開(kāi),并且有title。 除了import函數(shù),rtracklayer包中...
工具: bedtools subtract ref:Example usage — bedtools 2.27.0 documentation 注意:分隔符需要是\t 原理:...
生信分析過(guò)程中的文件格式:除了原始測(cè)序數(shù)據(jù)fastq、fasta之外,還有基因組文件fasta格式,基因注釋文件gtf格式。在分析的過(guò)程中還會(huì)有眾多中間文件的生成,如bed、...