生信堿移 scMLnet 使用筆記 本文將介紹如何使用 scMLnet 從單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)推斷細(xì)胞通訊中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 中山大學(xué) 孫小強(qiáng) 教授團(tuán)隊(duì)于2020年開發(fā)了一種 ...
IP屬地：上海
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scMLnet 包：使用單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)推斷細(xì)胞通訊中的“配體-受體-TF-mRNA”調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（單細(xì)胞多層網(wǎng)絡(luò)） -
linux命令匯總（先復(fù)習(xí)一下吧） 命令格式 快捷鍵 Ctrl + C：終止任務(wù)Ctrl + Z：暫停任務(wù)（將一個(gè)正在前臺(tái)執(zhí)行的命令放到后臺(tái)，并處于暫停狀態(tài)）Ctrl + L：清屏Ctrl +...
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軟件1 —— conda
一、 基本介紹 Conda是一個(gè)開源的包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，可在Windows、macOS和Linux上運(yùn)行。 Conda可快速安裝、運(yùn)行和更新包及其依賴項(xiàng)，可以輕松地...
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軟件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介紹 Trim Galore是對(duì)FastQC和Cutadapt的包裝。適用于所有高通量測(cè)序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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Seurat單細(xì)胞分析常見代碼-021.R程序并行運(yùn)算和調(diào)整R內(nèi)部允許的對(duì)象大小的限制 默認(rèn)是500 * 1024 ^ 2 = 500 Mb future在seurat的具體應(yīng)用詳見：https://satij...
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10X單細(xì)胞免疫圖譜分析匯總作者，Evil Genius~~ 新的一周，天氣變冷了，大家努力科研工作的同時(shí)，注意保暖，畢竟身體是革命的本錢。 相比較單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，ATAC和VDJ的文章相對(duì)較少，當(dāng)然了，...
