在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機(jī)制[http://www.itdecent.cn/p/f270b9431427]里面看到計(jì)算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫的是這樣做...
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基因相關(guān)性的計(jì)算 -
plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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全外顯子組測(cè)序（WES）分析3: 變異功能注釋（SnpEff / VEP ）1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 手動(dòng)下載（選擇符合自己需要的物種及版本）：https://sourceforge...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝、配置和使用
軟件說(shuō)明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件，但是相關(guān)的配置比較困難。這次我們使用conda進(jìn)行安裝，可以跳過(guò)繁瑣的環(huán)境配置過(guò)程。http://asia.ensembl...
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R語(yǔ)言中的apply()，lapply()，sapply()，tapply()函數(shù)以及示例
文章來(lái)源：R中的apply（），lapply（），sapply（），tapply（）函數(shù)以及示例 本教程旨在介紹apply（）函數(shù)集合。apply（）函數(shù)是所有集合中最基本的...
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最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
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2021-05-31Speedseq的安裝和使用（轉(zhuǎn)載待測(cè)試）
題外音：speedseq是一套流程，套用了大量三方軟件，但是居然也能發(fā)到Nature Methods上！驚訝之余查看了一下代碼，非常佩服，簡(jiǎn)直是教科書一樣的模式，太贊了！ 1...
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全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析TITLE: 全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析AUTHOR: Shuntai Yu [TOC] 外顯子是形成mRNA后剪接剩下的部分，包括UTR區(qū)與CDS，而CDS則是真正編碼蛋白的...
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dplyr-cli：在Linux Terminal上直接執(zhí)行dplyr
熟悉R的朋友都會(huì)知道，dplyr包是對(duì)原始的數(shù)據(jù)集進(jìn)行清洗、整理以及變換的有力武器之一。但是其使用會(huì)局限于你需要有打開R/R studio或者通過(guò)R腳本來(lái)執(zhí)行dplyr。對(duì)于...
