1.構(gòu)建樣本信息矩陣 diffbind包，需要構(gòu)建一個(gè)csv的文件矩陣，輸入服務(wù)器中bam和narrow文件位置。 2.載入數(shù)據(jù)，處理數(shù)據(jù) 3.構(gòu)建分組矩陣 4.統(tǒng)計(jì)結(jié)果總結(jié)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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2023-10-08 CUT&Tag數(shù)據(jù)差異peak分析
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遺傳學(xué) 博士
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軟件17 —— DiffBind
一、 基本介紹 DiffBind是鑒定兩個(gè)樣本間差異結(jié)合位點(diǎn)的一個(gè)R包。主要用于peak數(shù)據(jù)集，包括對(duì)peaks的重疊和合并的處理，計(jì)算peaks重復(fù)間隔的測(cè)序reads數(shù)...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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2023-09-27對(duì)CUT&Tag數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋
主要參考這篇文章教程：http://www.itdecent.cn/p/26aaba19a605[http://www.itdecent.cn/p/26aaba19a60...
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2023-09-26 CUT&Tag數(shù)據(jù)三個(gè)生物學(xué)重復(fù)取common peaksCUT&Tag數(shù)據(jù)隨筆記錄 1.要做一個(gè)H3K27ac與PR的互作分析熱圖。 1.1樣本的合并以及取交集peak分別對(duì)每一個(gè)樣本callpeak得到5w左右peak。如果將3...
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最近不常登陸簡(jiǎn)書，若評(píng)論問題沒有及時(shí)回復(fù)，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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北京大學(xué)生物信息學(xué)本博，做一些腫瘤多組學(xué)、質(zhì)譜、三維基因組相關(guān)的東西，喜歡籃球，攝影
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小王小王，垃圾大王<br>
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
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我要偷偷內(nèi)卷，然后驚艷所有人！
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計(jì)算生物學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)<br>
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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高級(jí)英語講師，知天命之年習(xí)筆練文，接地氣抒真情笑看人生。心靈原創(chuàng)剽竊必究。
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偶爾拍花，隨意喝茶，簡(jiǎn)單人生，留點(diǎn)印記……
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產(chǎn)品運(yùn)營大牛，一個(gè)有想法和腦洞的年輕人。公眾號(hào)：老虎講運(yùn)營。
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執(zhí)業(yè)律師&心理咨詢師<br>心盾法劍?自渡渡人
