有用過(guò)嗎
每日paper - 20220107 - GEVA估算突變出現(xiàn)時(shí)間Dating genomic variants and shared ancestry in population-scale sequencing data[https:/...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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單細(xì)胞測(cè)序barcode和umi
Barcode：標(biāo)記細(xì)胞 UMI：標(biāo)記基因 10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列，Barcode序列是用來(lái)標(biāo)記細(xì)胞：在Barcode與細(xì)胞融合形成水凝珠之后，可以保...
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感謝這個(gè)工具
使用transanno制作不同基因組版本坐標(biāo)映射的chain 文件？
不同基因組版本的位置（坐標(biāo)）對(duì)應(yīng)關(guān)系，在數(shù)據(jù)分析環(huán)節(jié)經(jīng)常用到。 位置對(duì)應(yīng)關(guān)系通常通過(guò)比對(duì)來(lái)獲取，而信息一般存儲(chǔ)在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
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tpm也是相加嗎
基因的FPKM等于各轉(zhuǎn)錄本FPKM之和
基因和轉(zhuǎn)錄本定量hppRNA STAR-RSEM-Ebseq 流程的四個(gè)樣本 gene FPKM： gene_idKO1KO2Con1Con2DAG1139.31112.86...
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【畫圖】pheatmap多圖組合1. 解決問(wèn)題 ??在進(jìn)行多圖繪制的時(shí)候，用cowplot::plot_grid函數(shù)進(jìn)行多圖組合，結(jié)果在多圖組合的時(shí)候，別的ggplot畫圖的對(duì)象沒(méi)有任何問(wèn)題，但是pheat...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái)，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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關(guān)于SNP的過(guò)濾（3）：如何從NGS生成高質(zhì)量的SNP數(shù)據(jù)集？
背景知識(shí) 隨著高通量測(cè)序方法的出現(xiàn)，大量DNA序列可以應(yīng)用于SNP的發(fā)現(xiàn)。這些數(shù)據(jù)中SNP的識(shí)別依賴于計(jì)算方法。它們?nèi)Q于您是否對(duì)種系或體細(xì)胞突變感興趣。往往它們通常將序列與...
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“如果你的數(shù)據(jù)是覆蓋率比較低的，一般將它設(shè)定為 100. 其他一般的數(shù)據(jù)將它設(shè)為平均覆蓋度的三倍?！睒侵髂愫茫雴?wèn)下這個(gè)怎么理解啊，低深度的數(shù)據(jù)DP不應(yīng)該是設(shè)置更小一點(diǎn)比較嚴(yán)格嗎
關(guān)于SNP的過(guò)濾（3）：如何從NGS生成高質(zhì)量的SNP數(shù)據(jù)集？
背景知識(shí) 隨著高通量測(cè)序方法的出現(xiàn)，大量DNA序列可以應(yīng)用于SNP的發(fā)現(xiàn)。這些數(shù)據(jù)中SNP的識(shí)別依賴于計(jì)算方法。它們?nèi)Q于您是否對(duì)種系或體細(xì)胞突變感興趣。往往它們通常將序列與...
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2022-10-10 samtools分析測(cè)序基因組的depth和coverage
對(duì)基因組測(cè)序完成后，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度（depth）和對(duì)基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個(gè)概念有時(shí)候不太好區(qū)分，有時(shí)coverage也表示測(cè)序深度x. 我們用s...
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覆蓋度你沒(méi)說(shuō)
測(cè)序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計(jì)算
Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
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測(cè)序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
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【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯(cuò)？1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開(kāi)發(fā)。如果是復(fù)雜基因組，肯定是首選。對(duì)于簡(jiǎn)單基因組，我跑了下，結(jié)果不佳。提了issue，張老師...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（六）：基因組質(zhì)量、一致性、保守性、LAI等評(píng)估寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評(píng)估 為什么...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對(duì)及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡(jiǎn)介 1.1 ...
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生信小工具：bedtools的使用(2)
bedtools "merge" 許多基因組特征的數(shù)據(jù)集具有許多彼此重疊的個(gè)體特征（例如來(lái)自ChiP seq實(shí)驗(yàn)的對(duì)象）。將多個(gè)有重疊的序列組合成單個(gè)連續(xù)的序列通常對(duì)下游很有...
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SV VCF格式的說(shuō)明及轉(zhuǎn)換不同的結(jié)構(gòu)變異（structural variation，SV）鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同，但也不是完全沒(méi)有規(guī)律可循，主要的格式就有兩種，分別是： BND n...
