有用過(guò)嗎
每日paper - 20220107 - GEVA估算突變出現(xiàn)時(shí)間Dating genomic variants and shared ancestry in population-scale sequencing data[https:/...
有用過(guò)嗎
每日paper - 20220107 - GEVA估算突變出現(xiàn)時(shí)間Dating genomic variants and shared ancestry in population-scale sequencing data[https:/...
Barcode:標(biāo)記細(xì)胞 UMI:標(biāo)記基因 10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列,Barcode序列是用來(lái)標(biāo)記細(xì)胞:在Barcode與細(xì)胞融合形成水凝珠之后,可以保...
感謝這個(gè)工具
使用transanno制作不同基因組版本坐標(biāo)映射的chain 文件?不同基因組版本的位置(坐標(biāo))對(duì)應(yīng)關(guān)系,在數(shù)據(jù)分析環(huán)節(jié)經(jīng)常用到。 位置對(duì)應(yīng)關(guān)系通常通過(guò)比對(duì)來(lái)獲取,而信息一般存儲(chǔ)在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
tpm也是相加嗎
基因的FPKM等于各轉(zhuǎn)錄本FPKM之和基因和轉(zhuǎn)錄本定量hppRNA STAR-RSEM-Ebseq 流程的四個(gè)樣本 gene FPKM: gene_idKO1KO2Con1Con2DAG1139.31112.86...
1. 解決問(wèn)題 ??在進(jìn)行多圖繪制的時(shí)候,用cowplot::plot_grid函數(shù)進(jìn)行多圖組合,結(jié)果在多圖組合的時(shí)候,別的ggplot畫圖的對(duì)象沒(méi)有任何問(wèn)題,但是pheat...
0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái),后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控:fastp[https://git...
背景知識(shí) 隨著高通量測(cè)序方法的出現(xiàn),大量DNA序列可以應(yīng)用于SNP的發(fā)現(xiàn)。這些數(shù)據(jù)中SNP的識(shí)別依賴于計(jì)算方法。它們?nèi)Q于您是否對(duì)種系或體細(xì)胞突變感興趣。往往它們通常將序列與...
“如果你的數(shù)據(jù)是覆蓋率比較低的,一般將它設(shè)定為 100. 其他一般的數(shù)據(jù)將它設(shè)為平均覆蓋度的三倍?!睒侵髂愫茫雴?wèn)下這個(gè)怎么理解啊,低深度的數(shù)據(jù)DP不應(yīng)該是設(shè)置更小一點(diǎn)比較嚴(yán)格嗎
關(guān)于SNP的過(guò)濾(3):如何從NGS生成高質(zhì)量的SNP數(shù)據(jù)集?背景知識(shí) 隨著高通量測(cè)序方法的出現(xiàn),大量DNA序列可以應(yīng)用于SNP的發(fā)現(xiàn)。這些數(shù)據(jù)中SNP的識(shí)別依賴于計(jì)算方法。它們?nèi)Q于您是否對(duì)種系或體細(xì)胞突變感興趣。往往它們通常將序列與...
對(duì)基因組測(cè)序完成后,我們經(jīng)常需要統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度(depth)和對(duì)基因組的覆蓋率(coverage) 這兩個(gè)概念有時(shí)候不太好區(qū)分,有時(shí)coverage也表示測(cè)序深度x. 我們用s...
覆蓋度你沒(méi)說(shuō)
測(cè)序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段(短讀 short reads)“覆蓋”的強(qiáng)度有多大? 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段(短讀 short reads)“覆蓋”的強(qiáng)度有多大? 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開(kāi)發(fā)。如果是復(fù)雜基因組,肯定是首選。對(duì)于簡(jiǎn)單基因組,我跑了下,結(jié)果不佳。提了issue,張老師...
寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評(píng)估 為什么...
寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡(jiǎn)介 1.1 ...
bedtools "merge" 許多基因組特征的數(shù)據(jù)集具有許多彼此重疊的個(gè)體特征(例如來(lái)自ChiP seq實(shí)驗(yàn)的對(duì)象)。將多個(gè)有重疊的序列組合成單個(gè)連續(xù)的序列通常對(duì)下游很有...
不同的結(jié)構(gòu)變異(structural variation,SV)鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同,但也不是完全沒(méi)有規(guī)律可循,主要的格式就有兩種,分別是: BND n...