讀取和匯總gistic輸出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）–使用maftools讀取和匯總gistic輸出文件（三） -
單細(xì)胞-注釋注釋是很關(guān)鍵的一步，這幾天先把注釋完全搞懂?，F(xiàn)在有幾個(gè)問題需要解決： 1、搞清楚不同注釋方法（手動(dòng)、網(wǎng)站、用已發(fā)表的文章里面的去注釋同一測(cè)序樣品）；2、如何提取細(xì)胞亞群，進(jìn)行...
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R語(yǔ)言1----?；╯ankey diagram）圖的繪制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的數(shù)據(jù)分析中，經(jīng)常會(huì)需要繪制?；鶊D，在這里推薦一個(gè)非常nice的R包-sankeyD3（類似于networkD3，但是比其功能更加完善），其出的?；鶊D比...
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空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)靶點(diǎn)定量技術(shù)----Digital Spatial Profiler（DSP）hello，大家好，今天給大家分享一個(gè)新的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)---Digital Spatial Profiler（DSP），目前公司打算引進(jìn)，我們來看看這個(gè)空間技術(shù)又有什么樣獨(dú)...
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計(jì)圖之一，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達(dá)的基因。當(dāng)試驗(yàn)涉及到...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的臨床和轉(zhuǎn)化價(jià)值作者，追風(fēng)少年i~ 8月了，馬上七夕節(jié)就要到了，在我們民間一直流傳著牛郎織女七夕鵲橋相會(huì)的神話傳說，從我記事開始，每次七夕仰望星空，也就見過一次銀河，希望這一次，也有這個(gè)福氣...
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10X單細(xì)胞個(gè)性化分析之CNV篇最近父親住院，需要人照顧，需要資金，所以不要臉的求一發(fā)大家的支持。 目前單細(xì)胞分析而言，分析方向大致包括以下幾個(gè)方面，1）器官發(fā)育（這個(gè)用空間轉(zhuǎn)錄組更為合適）；2）疾病樣本，...
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關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析二三事作者，追風(fēng)少年i 周一了，躺平了半年，說實(shí)話，躺平感覺是真的不錯(cuò)，??，不過大家不要學(xué)我，人人都躺平，那就真的沒啥希望了。 今天繼續(xù)分享關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容，我們來深...
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2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理2022年4月份TCGA進(jìn)行了更新，測(cè)序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
