讀取和匯總gistic輸出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）–使用maftools讀取和匯總gistic輸出文件（三） -
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單細(xì)胞-注釋注釋是很關(guān)鍵的一步，這幾天先把注釋完全搞懂。現(xiàn)在有幾個(gè)問題需要解決： 1、搞清楚不同注釋方法（手動(dòng)、網(wǎng)站、用已發(fā)表的文章里面的去注釋同一測序樣品）；2、如何提取細(xì)胞亞群，進(jìn)行...
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R語言1----?；╯ankey diagram）圖的繪制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的數(shù)據(jù)分析中，經(jīng)常會(huì)需要繪制?；鶊D，在這里推薦一個(gè)非常nice的R包-sankeyD3（類似于networkD3，但是比其功能更加完善），其出的桑基圖比...
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空間轉(zhuǎn)錄組檢測靶點(diǎn)定量技術(shù)----Digital Spatial Profiler（DSP）hello，大家好，今天給大家分享一個(gè)新的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)---Digital Spatial Profiler（DSP），目前公司打算引進(jìn)，我們來看看這個(gè)空間技術(shù)又有什么樣獨(dú)...
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R語言 write.csv時(shí)報(bào)錯(cuò) unimplemented type 'list' in 'EncodeElement'
在導(dǎo)出數(shù)據(jù)時(shí)報(bào)錯(cuò)： 查看數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)有l(wèi)ist的成分所以將其unlist后重新合并 或者 問題解決
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R包VennDiagram的韋恩圖繪制及交集元素的提取韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計(jì)圖之一，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量（或比例）。 例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑒定差異表達(dá)的基因。當(dāng)試驗(yàn)涉及到...
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基因組靶向panel利用靶向測序，可將一組基因或基因組區(qū)域分離出來并對(duì)其進(jìn)行測序。使用二代測序（NGS）的靶向方法讓研究人員能夠?qū)r(shí)間、費(fèi)用和數(shù)據(jù)分析集中在感興趣的特定區(qū)域。這種靶向分析包括外顯...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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腫瘤免疫分型對(duì)腫瘤免疫分型的研究有很多，通過對(duì)腫瘤組織進(jìn)行免疫組化染色較受研究者廣泛認(rèn)可的就是腫瘤的三大免疫分型：“免疫浸潤型”：CD8+ T細(xì)胞可以浸潤到腫瘤內(nèi)部“免疫排斥型”：雖然也...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的臨床和轉(zhuǎn)化價(jià)值作者，追風(fēng)少年i~ 8月了，馬上七夕節(jié)就要到了，在我們民間一直流傳著牛郎織女七夕鵲橋相會(huì)的神話傳說，從我記事開始，每次七夕仰望星空，也就見過一次銀河，希望這一次，也有這個(gè)福氣...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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10X單細(xì)胞個(gè)性化分析之CNV篇最近父親住院，需要人照顧，需要資金，所以不要臉的求一發(fā)大家的支持。 目前單細(xì)胞分析而言，分析方向大致包括以下幾個(gè)方面，1）器官發(fā)育（這個(gè)用空間轉(zhuǎn)錄組更為合適）；2）疾病樣本，...
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關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析二三事作者，追風(fēng)少年i 周一了，躺平了半年，說實(shí)話，躺平感覺是真的不錯(cuò)，??，不過大家不要學(xué)我，人人都躺平，那就真的沒啥希望了。 今天繼續(xù)分享關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容，我們來深...
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基因組背景知識(shí)之MSI（微衛(wèi)星不穩(wěn)定）了解前提 微衛(wèi)星：整個(gè)基因組有超過 100000 個(gè)被叫作「微衛(wèi)星」的短串聯(lián)重復(fù)序列區(qū)域，復(fù)制過程中易于滑動(dòng)出現(xiàn)錯(cuò)誤，因此非常依賴于 MMR 系統(tǒng)修復(fù)。 錯(cuò)配修復(fù)MMR（mi...
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MDSC骨髓來源抑制細(xì)胞（MDSCs）是病理激活的中性粒細(xì)胞和單核細(xì)胞，具有較強(qiáng)的免疫抑制活性。它們與許多病理?xiàng)l件下的免疫反應(yīng)調(diào)節(jié)有關(guān)，與癌癥的不良臨床結(jié)果密切相關(guān)。 1. 主要表型...
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2022新版TCGA下載基因組數(shù)據(jù)下載 網(wǎng)址：https://portal.gdc.cancer.gov/repository[https://portal.gdc.cancer.gov/repository...
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