寫(xiě)在前面 由于我們實(shí)驗(yàn)室的主要研究對(duì)象是荔枝，而在ncbi上的blast中還沒(méi)收錄荔枝基因組信息，所以使用起來(lái)不是那么方便。那么我們能不能實(shí)現(xiàn)一個(gè)本地的blast網(wǎng)站，使我們...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
-
用viroblast搭建本地blast網(wǎng)站 -
有沒(méi)有什么包，對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)，比如fpkm進(jìn)行差異分析？
轉(zhuǎn)錄組入門(mén)（7）：差異表達(dá)分析
這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。基本任務(wù)是得到差異分析結(jié)果，進(jìn)...
-
有沒(méi)有破解版軟件？
SnapGene簡(jiǎn)單入手(一)
“SnapGene是模擬質(zhì)粒構(gòu)建的利器。” SnapGene是一款功能強(qiáng)大的多功能的分子生物學(xué)工具，能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜，用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件，幫助我們...
-
R語(yǔ)言分析qPCR結(jié)果應(yīng)實(shí)驗(yàn)室同學(xué)的需求，為了減輕他們計(jì)算結(jié)果的工作量，來(lái)編寫(xiě)了以下的R語(yǔ)言代碼，利用單因素方差分析（多重比較分析）分析qPCR的Ct值，并繪制表達(dá)量柱狀圖。 方差分析用于兩個(gè)及兩...
-
viroblast的安裝目錄下data文件夾沒(méi)有寫(xiě)的權(quán)限，chmod a+w data就可以了
建立本地的可視化blast頁(yè)面
我們實(shí)驗(yàn)室主要是研究擬南芥的，因此要經(jīng)常進(jìn)tair網(wǎng)站，但是有時(shí)進(jìn)的比較慢或者完全打不開(kāi)，而NCBI也比較慢，所以我想建立一個(gè)本地的可視化的blast網(wǎng)站，以viroBlas...
-
bugu_默 ·作者您好，我按照您這個(gè)方法配置了blast，頁(yè)面是可以顯示出來(lái)的，但是最終用序列進(jìn)項(xiàng)blast時(shí)網(wǎng)頁(yè)顯示Error: couldn't open ./data/162988579159.blastinput.txt，，這個(gè)是怎么回事呀，求助。
ce613dfdcfa3 評(píng)論自建立本地的可視化blast頁(yè)面 -
科研繪圖的主題與顏色搭配主題 除了 theme_bw() 以外，下面主題也適合科研繪圖。ggplot2 自帶主題：https://ggplot2.tidyverse.org/reference/gg...
-
ggplot2-火山圖讀取數(shù)據(jù) 先畫(huà)個(gè)基本的 添加上閾值線 給感興趣的基因加上標(biāo)簽 基因課網(wǎng)址https://genek-pc.duanshu.com/[https://genek-pc.duan...
-
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點(diǎn)？
需求 客戶(hù)的一個(gè)簡(jiǎn)單需求： 我有一批功能基因位點(diǎn)，想從重測(cè)序的群體材料中找到這些位點(diǎn)，如何批量快速獲得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實(shí)現(xiàn) run.sh...
-
-
個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
-
miRNA-seq數(shù)據(jù)分析——學(xué)習(xí)筆記
@(我的第一個(gè)筆記本)[馬克飛象, 幫助, Markdown] —bugu，2020.11.16記錄miRNA-seq數(shù)據(jù)分析方法 ，參考jm生信技能樹(shù)的—— 構(gòu)建miRNA...
-
生信技能樹(shù)，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)，jimmy
-
文獻(xiàn)解讀--通過(guò)RNA測(cè)序解析玉米籽粒復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)1. 文章概述 本篇要解讀的文獻(xiàn)是一篇發(fā)表較早，卻比較經(jīng)典的文章。是2013發(fā)表于 Nature Communication 上的一篇 eQTL的文章。 玉米基因組非常復(fù)雜，...
