寫在前面

由于我們實驗室的主要研究對象是荔枝，而在ncbi上的blast中還沒收錄荔枝基因組信息，所以使用起來不是那么方便。那么我們能不能實現(xiàn)一個本地的blast網站，使我們可以用荔枝的基因信息作為query，以荔枝的整個基因組作為Database,進行blast搜索呢？

答案是肯定的，目前我知道的有幾個工具可以實現(xiàn)我們的目的——

• viroBlast
• SequenceServer
• wwwblast
  這里我用的是 viroBlast。

實現(xiàn)過程

首先，要安裝一些使用 viroBlast 的依賴軟件。

1. 安裝 blast+，使用conda安裝blast，也可以去ncbi上下載相應的blast+壓縮包，然后再自行安裝。

conda install blast

2. 安裝 服務器 apache2,因為我們要搭建的是一個網頁版的blast。 如果你像我一樣已經安裝了xampp集成包，也可不用直接單獨安裝apache2。

sudo apt-get install apache2

3. 安裝PHP,因為viroBlast是用PHP編寫的，所以我們需要有PHP。當然，如果你安裝了xampp，同樣也不用單獨安裝PHP，這些在xampp中都包含著。

sudo apt-get install libapache2-mod-php php php-gd

4. 下載viroblast。要下載viroblast，首先先要去其官網申請許可。當然在GitHub上也可以找到資源下載。https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/viroblast.php

• 進入官網，然后點擊Download

  
  

• 然后選擇 Academic License ，點擊之后填寫相關信息并提交，就會收到被授予許可的郵件以及下載鏈接。

  
  

5. 有了下載鏈接之后，我們就可以下載 viroBlast啦，以下是我獲得的鏈接。

wget http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/download.php?ID=viroblast.tar.gz

6. 解壓

tar -zxvf viroblast.tar.gz 

7. 移動viroblast 文件夾到相應的位置。

• 如果你是單獨安裝的apache2, 那么移動到 /var/www/html 下:

mv viroblast /var/www/html/

• 如果你是跟我一樣，安裝的xampp, 那么移動到 /opt/lampp/htdocs/ 下:

mv viroblast /opt/lampp/htdocs/

8. 通過網頁查看viroblast是否安裝成功。打開瀏覽器，網頁訪問：http://主機IP/viroblast/viroblast.php,顯示如下說明安裝成功：

9. 然后再用makeblastdb構建自己所需要的blast數據庫(本地blast庫構建代碼語法如下)：

makeblastdb -input_type fasta -dbtype nucl -in XXX.fasta

• 將核酸庫放在/viroblast/db/nucleotide下
• 將蛋白庫放在/viroblast/db/protein下

10. 設置好數據庫之后，如圖配置 viroblast.ini 文件。

11. 至此，viroBlast 已經完全配置好并且可以正常使用啦！ 如果想更改一下前端頁面的樣式或者偽裝一下Logo, 那么可以自行修改viroblast.php文件。

寫在最后

讀研半年多，
收獲了很多東西，
但似乎，又失去了某些東西，不管是人或者事。。
嗯，生命不息，修行不止