發(fā)簡信
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Jupyter Notebook代碼補全插件nbextensions安裝錯誤問題
安裝過程 (cmd環(huán)境) 1.install jupyter_contrib_nbextensions 因為默認地址下載速度超慢，所以使用-i https://pypi.mi...
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是說三款軟件的分析結果差異大是嗎？ @yanmou 確實確實，取交集還是更靠譜
limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括：基于Read數目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術：Cuffdif和...
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轉錄組差異分析流程三大R包比較總目錄： 數據預處理 limma包進行差異分析 edgeR包進行差異分析 DESeq2包進行差異分析 三大R包比較 1.輸入數據比較 edgeR: 原始的count矩陣，支持...
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@yanmou 真是不好意思喔，現在才回復，經過這幾天的檢查我發(fā)現可能是我之前做差異分析或者定量的時候結果存在一定的問題，如果解決了前面的問題應該就能做到大部分重合，到時候我會及時更新，很抱歉，在前面的步驟中沒有及時檢查結果文件。謝謝你的提醒。但是好像畫韋恩圖一般用于確定感興趣的某個基因是否在交集內，如果是為了找差異基因，用deseq2做就可以了叭。
limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括：基于Read數目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術：Cuffdif和...
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是說三款軟件的分析結果差異大是嗎？
limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括：基于Read數目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術：Cuffdif和...
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@巴拉巴拉11 對結果的解讀確實沒有，我只是以其中一個樣本為例展示了定量的結果，可視化和畫圖的話在我的主頁中有一篇文章是畫了散點圖的，針對三款不同的定量軟件進行結果的比對，單獨針對salmon的可視化分析倒是沒有，不過感謝你的提議，我會完善相應的部分的。
Salmon快速定量轉錄本
set index --keepDuplicates :默認設置中去除冗余的序列一致性轉錄本，該參數保留輸入文件中的冗余轉錄本并單獨計數-t:轉錄本fasta文件(這里用的是...
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你是說差異分析嗎？
Salmon快速定量轉錄本
set index --keepDuplicates :默認設置中去除冗余的序列一致性轉錄本，該參數保留輸入文件中的冗余轉錄本并單獨計數-t:轉錄本fasta文件(這里用的是...
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limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標。差異表達分析方法包括：基于Read數目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術：Cuffdif和...
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不同定量軟件的結果比對提取 分別用rsem,kallisto,Salmon定量得到每個樣本isoform的定量文件,提取了transcript_id一列和count一列,并且增加了序號列,使得每個...
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小姐姐，我想請教你一個問題：我用了幾款不同的軟件做isoform的定量，然后用deseq2分別對得到的定量結果做轉錄本表達的差異分析，就是想比較一下這幾款軟件定量的準確度，那我該看什么指標呢？
bioinfo100 —— 第35題 RNA-Seq 數據的定量之RPKM和FPKM
https://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好！好久不見了！ 之前手頭上一直有很多事情，因此咱們的生物信息學100個基礎問題（B...
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想請教作者一個問題：我用了幾款不同的軟件做isoform的定量，然后用deseq2分別對得到的定量結果做isoform表達的差異分析，就是想比較一下這幾款軟件定量的準確度，那我該看什么指標呢？
一文學會常規(guī)轉錄組分析
數據來源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at H3K27 in Arabid...
