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  • GWAS分析-說(shuō)人話(21)-上位效應(yīng)(epistasis)分析

    前言 今天說(shuō)一下如何“上位”~ 1.大神橙子牛奶糖已經(jīng)寫得很清楚了,不多寫: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.ht...

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    基因組重復(fù)序列檢測(cè):RepeatMasker的安裝及使用

    RepeatMasker是重復(fù)序列檢測(cè)的常用工具,通過(guò)與參考數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性比對(duì)來(lái)準(zhǔn)確識(shí)別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列,屬于同源預(yù)測(cè)注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...

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    Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27

    gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫(kù)常見的基因組genebank格式文件,在實(shí)際分析中,常常需要gff格式或者gtf格式,所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...

  • 請(qǐng)問(wèn)第四步里的spinach_pep_v1.fa是什么文件

  • 您好,請(qǐng)問(wèn)若所測(cè)物種有很多亞型,NCBI中有20多個(gè)亞型全基因組參考序列,而自己也不清楚測(cè)序的物種屬于哪個(gè)亞型,這種情況在從頭預(yù)測(cè)時(shí)要選擇哪個(gè)亞型的基因組作為參考基因組:sweat:

    基因功能注釋方法

    基因組注釋(Genome annotation) 是利用生物信息學(xué)方法和工具,對(duì)基因組所有基因的生物學(xué)功能進(jìn)行高通量注釋,是當(dāng)前功能基因組學(xué)研究的一個(gè)熱點(diǎn)。de novo組裝...

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    multiple whole genome alignment

    寫在前面:在上億年的進(jìn)化歷程中,基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變、插入、缺失到大的基因缺失、重復(fù)、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移?;蚪M比對(duì)可以通過(guò)比對(duì)序列中的同源區(qū)域...

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