前情提要: SPATA:基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime,擬時序分析可以用 Diffusion( Destiny R package) 給每個細(xì)胞添加注釋信息,如這...
SCENIC是一種基于單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其相關(guān)細(xì)胞狀態(tài)的工具 這里介紹的步驟方法是針對在R環(huán)境中(GENIE3),主要是GENIE3/GRNBoost...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上,歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
單細(xì)胞測序有著漫長的過去,卻只有短暫的歷史---誰說的! 說她漫長是因為到如今也有十幾年的歷史了,說她段短暫是因為針對單細(xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio,要更新library里所有包,一種方法是點擊Tools,選擇Check for Package Updates即可。 ...
在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組,那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢? 今天我們嘗試用我們的趁手工具做一下整合分析。 首先是下載數(shù)據(jù)...
常見錯誤: 說找不到Barcode文件,但明明存在Barcode: Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因為三個10...