前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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ReactomeGSA：高效的單細(xì)胞通路分析工具 -
單細(xì)胞數(shù)據(jù)擬時序分析-destiny單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime，擬時序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 給每個細(xì)胞添加注釋信息，如這...
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SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and ClusteringSCENIC是一種基于單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其相關(guān)細(xì)胞狀態(tài)的工具 這里介紹的步驟方法是針對在R環(huán)境中（GENIE3），主要是GENIE3/GRNBoost...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因為到如今也有十幾年的歷史了，說她段短暫是因為針對單細(xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
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R及R包安裝、更新、卸載、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一種方法是點擊Tools，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析||Seurat整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與VDJ數(shù)據(jù)在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組，那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢？ 今天我們嘗試用我們的趁手工具做一下整合分析。 首先是下載數(shù)據(jù)...
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Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
常見錯誤： 說找不到Barcode文件，但明明存在Barcode： Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因為三個10...
