方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast) -
基因家族專題(3)：基因家族成員的鑒定
Data preparation 繼續(xù)上次的內容，下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開始鑒定了。首先回顧一下，下載好的數(shù)據(jù)。 基因組序列信息，存儲基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
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情景l(fā)inux--如何得出一個文件的第二列？
情景 曾經(jīng)有一同事問我，在linux下如何輸出一個文本文件的第二列，文本內容不限。我不假思索地說用awk啊。她追問只有這一種方式么？于是我仔細想了想，…… 分析 既然內容不限...
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qsub任務提交系統(tǒng)
qsub系統(tǒng)適用于服務器集群的任務提交參考地址 qsub提交系統(tǒng)使用說明 運行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的時間格式是不一樣的 #P...
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生成用于circos的基因密度文件的python腳本
最近在做circos圖，由于我的重復序列的gff文件不是標準格式，無法用軟件生成，只好自己寫一個python腳本，本腳本可處理各種類似gff格式的文件，轉化為適用于circo...
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轉錄組流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）我這里只是用了4個數(shù)據(jù)進行測試，分成兩組（隨意寫的，僅供測試，在ballgown可以看到）；hisat2比對后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
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sam和bam格式文件的shell小練習前期準備: 統(tǒng)計共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對參考基因組 統(tǒng)計共有多少種比對的類型(即第二列數(shù)值有多少種)及其分布。 3）篩選出比對失...
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如何向NCBI的SRA上傳數(shù)據(jù)首先訪問SRA的提交界面，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，在沒有登陸NCBI時，網(wǎng)頁內容如下所示 點擊Log in, 會進...
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使用PBS作業(yè)調度系統(tǒng)提交python腳本以及python調用R的方法
首先說下如何指定各種腳本的工作路徑（shell, python, R） qsub可以通過-d指定作業(yè)腳本運行目錄 R, python腳本：上一級調用時在命令行參數(shù)里指明運行路...
