主成分分析（PCA）是一種無(wú)監(jiān)督降維方法，能夠有效對(duì)高維數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。但PCA對(duì)相關(guān)性較小的變量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判別分析）能夠有效解決這個(gè)問(wèn)題。而OPLS-...
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R實(shí)戰(zhàn) | OPLS-DA（正交偏最小二乘判別分析)篩選差異變量(VIP)及其可視化 -
R在數(shù)據(jù)框中按照要求提取指定行
我們這里的用到的是R自帶的數(shù)據(jù)集iris 1 指定值 2 grep gerp函數(shù)的使用如下：grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, per...
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在火山圖上標(biāo)記基因要玩圖，離不開哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》，第1章和21章是專門講圖的，我寫過(guò)對(duì)應(yīng)的筆記：http://www.itdecent.cn/p/4a154f6f0de7https...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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