0.軟件的安裝略1.物種樹的構(gòu)建參見 http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
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基因家族的收縮與擴(kuò)張 與 物種分歧時(shí)間的估計(jì)
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使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時(shí)的筆記。目前來看，背景介紹和軟件使用說明都基本沒啥問題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進(jìn)行比較基因組學(xué)中相關(guān)分析，教程見如何用WG...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（4）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，相當(dāng)于收集...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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WGCNA分析，簡(jiǎn)單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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轉(zhuǎn)錄組分析：RNA-seq pipeline through kallisto or salmon
RNA-seq pipeline through kallisto or salmon kallisto 和salmon相比含有hisat2和STAR等軟的RNA-seq流程...
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RNA-seq 分析流程（一）linux部分
基于miniconda3進(jìn)行l(wèi)inux部分分析,由于很多軟件是基于Python3.7寫成的，建議使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安裝及注意事項(xiàng)見：...
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生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢(mèng)的時(shí)光機(jī)[https://www.jiansh...
