注：本文僅討論轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的免疫浸潤評估。關(guān)于免疫浸潤的計算，其實有不少綜述進行過總結(jié)。筆者看到過2篇發(fā)表于2018年的相關(guān)綜述（雖然現(xiàn)在都2020年了），大致看了下（也沒仔...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
-
轉(zhuǎn)錄組分析中的免疫浸潤的評估方法 -
生信知識補充目前研究轉(zhuǎn)錄組的方法主要三種：（1）基于雜交技術(shù)的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于sanger測序法的SAGE (serial analysis of gene ex...
-
文獻閱讀專題
第1篇 原文：Integrative analysis of gene expression and DNA methylation through one‐class lo...
-
跳出套路的生信分析第1篇 原文：High-dimensional single-cell analysis predicts response to anti-PD-1 immunothera...
-
常用模型使用簡介
XGBoost xgboost入門與實戰(zhàn)（原理篇）的后半部分介紹了需要注意的參數(shù)和基本使用方法。神器xgboost簡單入門和運用手把手教寫出XGBoost實戰(zhàn)程序 NMF N...
-
非編碼RNA生信分析第1篇 發(fā)在Journal of Translational Medicine（4分）。原文：Circular RNA regulatory network reveals ...
-
甲基化套路和甲基化有關(guān)的?？梢韵攘私庀录谆?50k甲基化基礎(chǔ)450K甲基化芯片數(shù)據(jù)處理傳送門450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。 甲基化的一些預(yù)備知識甲基化程度...
-
生信數(shù)據(jù)庫
最常使用的數(shù)據(jù)庫是TCGA和GEO，網(wǎng)上有一些不錯的博客介紹了如何使用這兩個數(shù)據(jù)庫，本文不再贅述，直接貼鏈接吧。 TCGA數(shù)據(jù)庫：TCGA-GDC用途及腫瘤基因數(shù)據(jù)下載 GE...
-
生信實戰(zhàn)通道
筆者先前沉迷于算法原理研究，科研轉(zhuǎn)化效率低下。痛定思痛，新開啟簡書賬號，記錄生信實戰(zhàn)套路。本系列不糾結(jié)于算法原理，純粹功利實戰(zhàn)，套路優(yōu)先。專注于基本方法的使用、經(jīng)典文獻的解讀記錄。