參考網(wǎng)站R獲取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集使用R進(jìn)行Gene Ontology(GO)富集分析過程中如何導(dǎo)出某一特定GO詞條下所有的...
IP屬地：山西
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下載GO/KEGG某一pathway的genelist -
single cell marker 基因數(shù)據(jù)庫在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中一個(gè)重要的方面就是定義聚類得來的cluster，一個(gè)思考的方向就是根據(jù)marker基因來定義cluster的細(xì)胞類型（cell type）。怎樣才能建立c...
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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統(tǒng)計(jì)-R(相關(guān)系數(shù))與R^2(決定系數(shù))傻傻分不清讀文獻(xiàn)時(shí)，有時(shí)求相關(guān)系數(shù)，有時(shí)求擬合優(yōu)度，到底都是什么呢？ 先給結(jié)論，R與R^2沒有關(guān)系，就如同標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤差沒有關(guān)系一樣。 1. 相關(guān)系數(shù)（R） 定義：變量之間線性相關(guān)的...
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轉(zhuǎn)錄組時(shí)間序列數(shù)據(jù)處理針對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，平時(shí)分析中最常見兩組之間的比較，比如不同處理或者不同突變體。面對(duì)這樣的數(shù)據(jù)用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果樣本量或者不同條件很多的話可...
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流式細(xì)胞儀分析技術(shù)及應(yīng)用在2019年的三月份我正式開始做單細(xì)胞相關(guān)研究工作，有趣的同時(shí)也是朋友我們經(jīng)常誤會(huì)的是：你是不是用流式細(xì)胞術(shù)？而我在得知自己要做這單細(xì)胞（single cell ）的研究時(shí)，...
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat畫fig2Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞[http://www.itdecent.cn/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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DoHeatmap畫熱圖時(shí)應(yīng)該注意的點(diǎn)日常瞎掰 ??通過標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來自于Seurat包，處理過單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來畫每個(gè)cluster的m...
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
