TPM是RNAseq測(cè)序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測(cè)序公司也開(kāi)始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析 -
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)資源總結(jié)首先這個(gè)名字要寫(xiě)對(duì)：ChIP-seq，有很多論文沒(méi)注意大小寫(xiě)，其實(shí)沒(méi)理解每個(gè)字母所代表的含義。ChIP-seq大致原理看一看： Figure 1: Workflow of a...
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ChIP實(shí)驗(yàn)操作以及Chip-seq數(shù)據(jù)分析ChIP（Chromatin immunoprecitation）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。 “染色質(zhì)”就是由“組蛋白和DNA”組成的物質(zhì)；“免疫”就是通過(guò)...
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2020-06-23 Chip-seq 數(shù)據(jù)分析（1）1.參考文獻(xiàn) Brookes, E. et al. Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymeras...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（五）：基因差異表達(dá)分析第五節(jié)：基因差異表達(dá)分析 在本節(jié)教程中，我們將介紹基因差異表達(dá)分析的相關(guān)知識(shí)。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，差異表達(dá)分析可以具有多種功能，例如鑒定細(xì)胞群的標(biāo)記基因，以及跨條件（健康與對(duì)...
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單細(xì)胞測(cè)序細(xì)胞類(lèi)型注釋輔助數(shù)據(jù)庫(kù)大全
在拿到單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)后，非常關(guān)鍵的一步是做細(xì)胞類(lèi)型鑒定，如果這一步不準(zhǔn)確，那么后續(xù)所有分析都將不可靠。這需要有比較準(zhǔn)確而合適的marker基因列表，然而大部分情況下marke...
