TPM是RNAseq測(cè)序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣,以前都是FPKM,但目前TPM才是主流,很多測(cè)序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了,基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
TPM是RNAseq測(cè)序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣,以前都是FPKM,但目前TPM才是主流,很多測(cè)序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了,基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
首先這個(gè)名字要寫對(duì):ChIP-seq,有很多論文沒注意大小寫,其實(shí)沒理解每個(gè)字母所代表的含義。ChIP-seq大致原理看一看: Figure 1: Workflow of a...
ChIP(Chromatin immunoprecitation)是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。 “染色質(zhì)”就是由“組蛋白和DNA”組成的物質(zhì);“免疫”就是通過...
1.參考文獻(xiàn) Brookes, E. et al. Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymeras...
第五節(jié):基因差異表達(dá)分析 在本節(jié)教程中,我們將介紹基因差異表達(dá)分析的相關(guān)知識(shí)。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中,差異表達(dá)分析可以具有多種功能,例如鑒定細(xì)胞群的標(biāo)記基因,以及跨條件(健康與對(duì)...
在拿到單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)后,非常關(guān)鍵的一步是做細(xì)胞類型鑒定,如果這一步不準(zhǔn)確,那么后續(xù)所有分析都將不可靠。這需要有比較準(zhǔn)確而合適的marker基因列表,然而大部分情況下marke...