獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標(biāo)簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調(diào)用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標(biāo)簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
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Seurat::DotPlot繪圖美化-facet方法添加X軸注釋標(biāo)簽 -
單細(xì)胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實(shí)現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
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ggplot2畫tSNE（UMAP）的聚類點(diǎn)圖（帶圈帶陰影）今天我們學(xué)習(xí)一點(diǎn)簡單的，實(shí)現(xiàn)下面這張圖 繪圖： 1. 首先加載數(shù)據(jù)，然后用查看一下數(shù)據(jù)長什么樣子 2. 開始畫圖： 首先，可以看出這張圖是張點(diǎn)圖，而x軸、y軸和點(diǎn)的顏色分...
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單細(xì)胞測序細(xì)胞類型鑒定——肥大細(xì)胞肥大細(xì)胞特性 肥大細(xì)胞（mast cell），發(fā)育源于骨髓CD34+前體細(xì)胞，廣泛分布于皮膚及內(nèi)臟粘膜下的微血管周圍，組織中肥大細(xì)胞不多，是連接神經(jīng)系統(tǒng)和免疫系統(tǒng)的橋梁。 形...
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詳細(xì)介紹新版SingleR進(jìn)行單細(xì)胞自動化鑒定
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，現(xiàn)在的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析越來越普及，得到的單細(xì)胞數(shù)據(jù)越來越多。然而單細(xì)胞轉(zhuǎn)...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝螅芏鄷r候...
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Rmarkdown 設(shè)置工作目錄
Rmarkdown 怎么設(shè)置工作路勁 Rmarkdown里面setwd()沒用，個人感覺Rmarkdown里的路徑亂七八糟的，不知道自己的文件輸出到哪里去了，所以在使用Rma...
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單細(xì)胞測序細(xì)胞類型鑒定
細(xì)胞類型鑒定 細(xì)胞類型鑒定分兩種思路一種是基于Marker gene， 看某個亞群的差異基因（one to others）與數(shù)據(jù)庫中哪種細(xì)胞類型的 marker gene 比...
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測量結(jié)果中的一部分，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系。不同平臺的數(shù)據(jù)，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)，同一個樣品不同試劑...
