困擾很久，終于找到一個(gè)方法，實(shí)測有效。 每次重啟會(huì)失效，建議加入~/.zshrc中。
IP屬地：福建
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2026-01-13
Entities must not be multiplied beyond necessity.如無必要，勿增實(shí)體。——威廉·奧卡姆【中世紀(jì)哲學(xué)家】
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把你感興趣的基因集傳入enricher()，dotplot()可視化
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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@18a72b24bee6 如果是想蛋白id轉(zhuǎn)基因id，我也不清楚
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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循環(huán)中把數(shù)據(jù)框賦值給變量 ｜ R
循環(huán)讀取文件，然后把它賦值給由文件名來的相應(yīng)名稱變量。需要assign()函數(shù)通過get()函數(shù)獲取變量內(nèi)容需要用print()打印，不然不輸出結(jié)果
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wc -l 統(tǒng)計(jì)行數(shù)比excel少一行？從上面發(fā)現(xiàn)wc -l統(tǒng)計(jì)的比excel少一行 原因是wc -l統(tǒng)計(jì)的是 的數(shù)量 而可以發(fā)現(xiàn)excel導(dǎo)出的這個(gè)txt最后沒有換行符，也就是wc -l統(tǒng)計(jì)的會(huì)比真實(shí)情況少一行
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遞歸下載ftp服務(wù)器上的文件最近遇到一個(gè)問題，想下載http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/metagenomics/mgnify_genomes/zebrafish-fe...
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如果沒有顯式調(diào)用 print()，圖形可能不會(huì)被正確渲染到PDF中，導(dǎo)致文件損壞或無法打開
循環(huán)中畫圖提示文件損壞 | R
在循環(huán)中畫圖，用 跑完之后，我總是會(huì)遇到文件已損壞的情況。解決方法：
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鏈接失效了，文獻(xiàn)題目Bypassing Cultivation To Identify Bacterial Species
全基因組信息獲得物種分類信息
有了基因組，怎么知道它的物種分類？結(jié)果又應(yīng)該怎么看？ 方法一：拿到這個(gè)網(wǎng)站跑一下http://microbial-genomes.org/[http://microbial-...
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多重檢驗(yàn)標(biāo)字母 ｜ R兩兩比較顯著性，雖然可以用ggpubr（可參考http://www.itdecent.cn/p/f53a05da7745[http://www.itdecent.cn/p...
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@18a72b24bee6 很明顯你這是兩套命名系統(tǒng)，不是什么基因蛋白的原因。
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AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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不知道你是怎么有LOC的，我不知道它和Nib的對應(yīng)關(guān)系。換你用的Nib id的參考基因組重新分析吧，我也沒有更好辦法
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按照步驟即可
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
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差異分析存在許多含零的行 ｜ Deseq2DESeq2分析差異基因/ASV時(shí)，如果全部基因/ASV都存在0，那么將會(huì)因?yàn)閹缀纹骄鶖?shù)全部為0，導(dǎo)致估算sizefactor失敗而報(bào)錯(cuò)。 因?yàn)槟J(rèn)的計(jì)算sizefactor...
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ggplot2圖例調(diào)成一列，終于找到了解決辦法
有時(shí)圖例較多，用ggplot2畫圖時(shí)候會(huì)出現(xiàn)圖例占據(jù)圖的半壁江山，想讓圖例排成一列，解決方法如下： guides(fill = guide_legend( ncol = 1,...
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MicrobiotaProcess注意事項(xiàng)
qiime2類型文件：讀入的feature不能太多，親測47000多個(gè)feature消耗內(nèi)存110G，導(dǎo)入好幾個(gè)小時(shí)依然失敗。而一萬多的feature就大概一分鐘就能正常讀入...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會(huì)變小
測序數(shù)據(jù)比對結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進(jìn)行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當(dāng)時(shí)懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統(tǒng)計(jì)了一下原始...
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相信我，這是全網(wǎng)最詳細(xì)的dplyr教程
R語言包 dplyr之常用函數(shù) 一、安裝 我的環(huán)境：win10 64位。R版本：4.0 dplyr版本 :1.0.5或者使用packageVersion("dplyr")#...