寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時光機(jī)[https://www.jiansh...
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@kkkkkkang LOC1077……是基因id,但query是蛋白id啊
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫,只好自己構(gòu)建,再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
您好,我想問一下您用的這個本生煙草蛋白序列的蛋白標(biāo)識符并不能找到對應(yīng)的gene id,您是怎么處理的?這個建庫所用的eggnog輸出的query_name是Niben101Scf03816g02010.1等這些,但是我的需要分析的差異基因的gene id是LOC1077……之類的,然后我想把蛋白id轉(zhuǎn)化為gene id,但我發(fā)現(xiàn)Niben101Scf03816g02010.1在NCBI上無法查到,且用uniprot也無法找到,因此無法轉(zhuǎn)換,請問您是怎么做的呢?非常期待能得到您的指點!
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成功!太感謝了!
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求代碼!??
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您好,可以分享一下煙草注釋數(shù)據(jù)庫的建庫方法嗎,我在建煙草數(shù)據(jù)庫的時候遇到很多困難,太難了??
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