寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時光機(jī)[https://www.jiansh...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb -
@kkkkkkang LOC1077……是基因id，但query是蛋白id啊
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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您好，我想問一下您用的這個本生煙草蛋白序列的蛋白標(biāo)識符并不能找到對應(yīng)的gene id，您是怎么處理的？這個建庫所用的eggnog輸出的query_name是Niben101Scf03816g02010.1等這些，但是我的需要分析的差異基因的gene id是LOC1077……之類的，然后我想把蛋白id轉(zhuǎn)化為gene id，但我發(fā)現(xiàn)Niben101Scf03816g02010.1在NCBI上無法查到，且用uniprot也無法找到，因此無法轉(zhuǎn)換，請問您是怎么做的呢？非常期待能得到您的指點！
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
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我要偷偷內(nèi)卷，然后驚艷所有人！
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成功！太感謝了！
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求代碼！??
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您好，可以分享一下煙草注釋數(shù)據(jù)庫的建庫方法嗎，我在建煙草數(shù)據(jù)庫的時候遇到很多困難，太難了??
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