寫(xiě)在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢(mèng)的時(shí)光機(jī)[https://www.jiansh...
發(fā)簡(jiǎn)信
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生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb -
@kkkkkkang LOC1077……是基因id，但query是蛋白id啊
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
AnnotationHub中沒(méi)有本生煙草數(shù)據(jù)庫(kù)，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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您好，我想問(wèn)一下您用的這個(gè)本生煙草蛋白序列的蛋白標(biāo)識(shí)符并不能找到對(duì)應(yīng)的gene id，您是怎么處理的？這個(gè)建庫(kù)所用的eggnog輸出的query_name是Niben101Scf03816g02010.1等這些，但是我的需要分析的差異基因的gene id是LOC1077……之類(lèi)的，然后我想把蛋白id轉(zhuǎn)化為gene id，但我發(fā)現(xiàn)Niben101Scf03816g02010.1在NCBI上無(wú)法查到，且用uniprot也無(wú)法找到，因此無(wú)法轉(zhuǎn)換，請(qǐng)問(wèn)您是怎么做的呢？非常期待能得到您的指點(diǎn)！
非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組
AnnotationHub中沒(méi)有本生煙草數(shù)據(jù)庫(kù)，只好自己構(gòu)建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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我要偷偷內(nèi)卷，然后驚艷所有人！
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成功！太感謝了！
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求代碼！??
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您好，可以分享一下煙草注釋數(shù)據(jù)庫(kù)的建庫(kù)方法嗎，我在建煙草數(shù)據(jù)庫(kù)的時(shí)候遇到很多困難，太難了??
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