發(fā)簡信
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?? simplifyEnrichment | 讓我來做你的富集結(jié)果的瘦身教練吧！~寫在前面 最近真是煩心啊，事事不順，找個(gè)日子我要找大師算一卦。?? 大家基本都會做富集分析，但有時(shí)候terms實(shí)在太多，讀起來真是累，也搞不清到底誰是其中相對重要的。?? 之前有...
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深入理解R包AUcell對于分析單細(xì)胞的作用首先我們來看看對AUcell的介紹AUCell可以識別單細(xì)胞RNA序列數(shù)據(jù)中具有活躍基因集（例如signatures，基因模塊...）的細(xì)胞。 AUCell使用“曲線下面積”...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細(xì)胞上游軟件cellranger：單細(xì)胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.itdecent.cn/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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26. 正則表達(dá)式
參考鏈接：https://blog.csdn.net/weixin_43860260/article/details/91417485[https://blog.csdn.n...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）分析背景 查看某些基因在特定癌癥里是不是發(fā)生了拷貝數(shù)變異。 最簡單的方法 直接去一些分析網(wǎng)站上查看，當(dāng)然也有一些弊端，例如數(shù)據(jù)更新滯后，沒有給出明確的分析方法和判斷標(biāo)準(zhǔn)等，心中不...
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空轉(zhuǎn)分析方法拾遺2作者，追風(fēng)少年i 周五了，一周的收官之戰(zhàn)，馬上國慶了，希望大家有個(gè)好的假期，一切都會好起來，周星馳有一句臺詞，雖然我們都是路人甲乙丙丁，但是一樣是有生命，有靈魂的。 書接上文...
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tidyHeatmap（一）：帶你繪制高端熱圖
前言 Immugent最近注意到，生信寶庫好久沒有更新有關(guān)基礎(chǔ)繪圖的推文了，于是專門去找了最近常常碰到的專注于繪制熱圖的tidyHeatmap包的教程來學(xué)習(xí)了一下，現(xiàn)在分享給...
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2023-05-21-scRNA之GSVA SCORE的熱圖形式展現(xiàn)(GSVA可視化，pheatmap，癌癥通路)對于熱圖，之前有畫過，但當(dāng)時(shí)對于繁多的arguements了解的不是很清楚，但是今天在微信公眾號上找到了一篇真正的保姆級教程，講的非常的詳細(xì)?。?！然后自己做了一點(diǎn)補(bǔ)充與拓展，...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】UPhyloplot2繪制腫瘤進(jìn)化的系統(tǒng)發(fā)育樹目的：繪制腫瘤進(jìn)化的系統(tǒng)發(fā)育樹 參考文章 【官網(wǎng)】https://github.com/harbourlab/UPhyloplot2[https://github.com/h...
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編程筆記7-R語言和python函數(shù)對應(yīng)表
R語言函數(shù)Python/Pandas函數(shù)功能table(x)x.value_counts()計(jì)算x中唯一值的頻率rbind(df1,df2)pd.concat([df1, d...
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從中國核酸數(shù)據(jù)庫GSA下載單細(xì)胞數(shù)據(jù)第一次使用GSA大約是2018年，那一次是往該數(shù)據(jù)庫上傳數(shù)據(jù)。 單細(xì)胞數(shù)據(jù)呈指數(shù)增長，對一個(gè)實(shí)驗(yàn)室也好，對一家科研單位也好，對一個(gè)國家也好，數(shù)據(jù)的管理顯得日益重要。數(shù)據(jù)管理在...
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非生信人員做單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的入門秘籍寫在前面 自2009年第一篇單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章發(fā)表以來，經(jīng)過十多年的發(fā)展，各研究機(jī)構(gòu)和生物公司相繼推出單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)服務(wù)，這使得單細(xì)胞測序已經(jīng)從“王謝堂...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的邊界轉(zhuǎn)換效應(yīng)作者，追風(fēng)少年i hello，又是新的一周，2022的下半年，疫情雖然沒有完全過去，但是基本已經(jīng)控制住，對于我們而言，艱難的2022是必須熬過去的砍，沒有撤退可言，希望我們無...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞百分比餅圖的繪制作者，追風(fēng)少年i 最近一直有人問我空間轉(zhuǎn)錄組的餅圖該如何繪制，如下圖 之前呢，說過一些，大家可以借鑒 10X空間轉(zhuǎn)錄組繪圖之細(xì)胞類型百分比餅圖和空間密度分布圖[https:/...
