1. 環(huán)境準備 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
IP屬地：云南
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染色體位置如何注釋到基因名 -
群體遺傳研究——變異注釋--snpEff和ANNOVARsnpEff snpEff4.0軟件之后默認下載安裝所有動物的庫（ensembl的庫） 但是ensembl的庫有個缺點就是注釋出來的基因是ensemblid，我們也不認識它是...
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二代群體遺傳與重測序（下）五.種群歷史與基因交流 書接上回http://www.itdecent.cn/p/0147afc3334c[http://www.itdecent.cn/p/0147af...
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SMC++計算歷史有效群體含量（自用）
1轉(zhuǎn)為SMC++輸入格式 首先對VCF文件進行bgzip壓縮和建tbi索引 2分析 3畫圖 部分內(nèi)容參考官網(wǎng)https://github.com/popgenmethods/...
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ROH-sliding-window-based run detection
進入文件數(shù)據(jù)文件夾和激活conda cd /cd /mnt/d/peng/goat/sixregionsconda activate seletionRlibrary(det...
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筆記：按照不同的ROH長度計算Froh（利用R包detectRUNS沒能成功，故通過腳本實現(xiàn)）
首先在計算Froh所需要的文件是利用detectRUNS包計算得到的ROH的長度分布數(shù)據(jù) 然后我想篩選出那些長度較長的ROH片段，單獨計算Froh 由于個體數(shù)較多，所以想利用...
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2021-01-04根據(jù)SNP驗證自然選擇—XPEHH分析轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法，其...
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XPEHH
前期準備： 1 beagle填充，還有所謂的phasing（windows 版本） java -jar beagle.08Feb22.fa4.jar gt=B1B2.vcf...
