最近不常登陸簡(jiǎn)書，若評(píng)論問(wèn)題沒(méi)有及時(shí)回復(fù)，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：臺(tái)灣
-
-
CHIPseq流程1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號(hào)）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進(jìn)行...
-
WGS,WES,RNA-Seq與ChIP-seq之間的異同轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/10918.html 1 基礎(chǔ)概念 平均測(cè)序深度： 指定區(qū)域內(nèi)得到的所有堿基數(shù)目與該區(qū)域的長(zhǎng)度的比值，如果是全...
-
-
「RNA-seq分析軟件」RNA-seq比對(duì)工具STAR學(xué)習(xí)筆記STAR 軟件安裝 軟件的GitHub地址為https://github.com/alexdobin/STAR, 下載頁(yè)面為https://github.com/alexdo...
-
cuffdiff 產(chǎn)出文件說(shuō)明（cuffdiff工具說(shuō)明書）這個(gè)文章詳細(xì)說(shuō)明了 cuffdiff 操作過(guò)程中各命令意義以及產(chǎn)出的文件代表什么意思，哪些是用于下一步做可視化分析和go富集分析,kegg富集分析等(ps:markdown寫...
-
2022年，魚躍龍門！積極主動(dòng)，逆天改命！
-
GEO數(shù)據(jù)分析之必備基礎(chǔ)知識(shí)
GEO數(shù)據(jù)分析之必備基礎(chǔ)知識(shí) 本節(jié)主要介紹GEO分析開始之前的準(zhǔn)備工作和推薦學(xué)習(xí)以下非常優(yōu)秀的推文，學(xué)習(xí)之后GEO分析就春暖花開了： 生信技能樹GEO數(shù)據(jù)挖掘相關(guān)的課程 解讀...
-
討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來(lái)即可。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無(wú)關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
-
差異表達(dá)基因分析：差異倍數(shù)(fold change), 差異的顯著性(P-value)Differential gene expression analysis：差異表達(dá)基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差異表達(dá)...
-
Linux下tar.gz文件的解壓編譯安裝
經(jīng)常會(huì)看到在Linux下許多工具庫(kù)、軟件，下載的時(shí)候都是以tar.gz為后綴結(jié)尾的。這種文件一般都是打包了源代碼的文件，因此需要我們自己手動(dòng)解壓縮、編譯之后再安裝，最后才能夠...
-
轉(zhuǎn)錄組PCR去重原始數(shù)據(jù)查看： grep '^@' ctr.R1.fq | sort |uniq|wc -l27787625 也就是乘以四后的行數(shù)，即fq的name不會(huì)重 比對(duì)： index...
-
linux下tar.gz、tar、bz2、zip等解壓縮、壓縮命令小結(jié)
本文介紹了linux下的壓縮程式tar、gzip、gunzip、bzip2、bunzip2、compress 、uncompress、 zip、 unzip、rar、unra...
-
tophat2+cufflinks轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（2)—去接頭>比對(duì)>差異分析
在將原始數(shù)據(jù)和參考基因組數(shù)據(jù)處理好以后，就開始開始比對(duì)分析了比對(duì)所用到的參考基因組的索引文件和基因組注釋文件都存放在hg19文件夾將sra文件解壓至Fastq文件夾主要步驟有...
-
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南 內(nèi)容 前言 各位同學(xué)/老師，大家好，現(xiàn)在...
-
RNA-seq數(shù)據(jù)分析工具詳細(xì)介紹（從質(zhì)量控制到可視化）
Methods and tools for RNA-seq-based co-expression network analysis 非常全面，從質(zhì)量控制開始到最后都有介紹，...
-
Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這
摘要 RNA測(cè)序（RNA-seq）在過(guò)往十年里逐漸成為全轉(zhuǎn)錄組水平分析差異基因表達(dá)和研究mRNA差異剪接必不可少的工具。隨著二代測(cè)序技術(shù) (NGS)的發(fā)展，RNA-seq的應(yīng)...
-
RNA-seq摸索：2.sra下載數(shù)據(jù)→fastqc質(zhì)控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比對(duì)→Samtools格式轉(zhuǎn)換→IGV可視化結(jié)果參考這些主要根據(jù)這篇操作！??！[http://www.itdecent.cn/p/970012d1b051/]??????我覺(jué)得學(xué)RNA-seq必看的文獻(xiàn)?。??????[https:...
-
samtools的安裝和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進(jìn)...
