一、OTU聚類 1.1 為何要進(jìn)行OTU聚類 a) 測序完成后，每例樣品的測序序列達(dá)到幾萬條，對每一條序列當(dāng)然都可以進(jìn)行物種注釋，但這種方式工作量大，畢竟每一條序列均需要與數(shù)...
IP屬地：安徽
-
微生物多樣性分析—OTU聚類與注釋 -
分不清：Microbiota, metagenome, microbiome 來看看Nature綜述怎么說？閱讀文獻(xiàn)的過程中，總會碰到microbiota, metagenome, microbiome這三個關(guān)鍵字，不太清楚它們的具體意思什么，以及它們之間的區(qū)別，估計很多朋友也有此...
-
微生物群落多樣性測序與功能分析
微生物群落測序是指對微生物群體進(jìn)行高通量測序，通過分析測序序列的構(gòu)成分析特定環(huán)境中微生物群體的構(gòu)成情況或基因的組成以及功能。借助不同環(huán)境下微生物群落的構(gòu)成差異分析我們可以分析...
-
微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table， 樣本群落距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的分析結(jié)果，為常規(guī)分析流程。...
-
微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table， 距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)，為常規(guī)分析流程。可以使用usear...
-
第6周：利用小RNA測序和降解組測序鑒定玉米雌穗發(fā)育過程中的miRNA及其靶基因1. Abstract 1.1 Background 在玉米中，低氮，低鹽，干旱脅迫下的miRNA及其靶基因研究較多，但在玉米穗子中相關(guān)研究較少。這篇研究的目的就是為了鑒定四...
