我們今天就搞清楚這兩個問題：1.什么是無尺度分布2.手工計算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認識世界上的任何一個人，需要通過幾個人來聯(lián)系？ 6個。 這個就是6度分隔...
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WGCNA 挑選軟閾值 -
WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析，數(shù)據(jù)可以通過hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時候...
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GSEA詳細解釋及結(jié)果解讀Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用來評估一個預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分布趨勢，從而判斷其對表型的貢獻。...
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小鼠和人的同源基因?qū)?yīng)在使用cellphoneDB和italk進行細胞通訊分析時，發(fā)現(xiàn)小鼠的結(jié)果很少或奇奇怪怪。查了下網(wǎng)上大家的一些解決辦法，發(fā)現(xiàn)將小鼠的基因轉(zhuǎn)成人的同源基因即可做。 這篇文章主要...
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12 STRING蛋白互作數(shù)據(jù)庫String網(wǎng)址：https://string-db.org/[https://string-db.org/]STRING數(shù)據(jù)庫是一個研究蛋白質(zhì)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫，這種作用...
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2 論文圖片排版軟件老師寒假的時候讓我試試看寫文章，然后我就發(fā)現(xiàn)，其實文章里面圖片的排版還是比較麻煩的。之前問了一下學(xué)長，他也是使用PPT和PS進行的排版。于是我就寫了一個輔助排版的程序，其功能...
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11 KEGG通路繪制有的時候我們會需要繪制一些通路圖用來描述不同基因、蛋白、通路之間的關(guān)系。一般來說KEGG數(shù)據(jù)庫是一個很好的選擇，但是KEGG數(shù)據(jù)庫中的通路圖是靜態(tài)的圖片，而有的時候我們會需要...
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10 靶點預(yù)測跟著學(xué)長學(xué)習(xí)了一些靶點預(yù)測的方法，主要使用到的工具有以下兩種 瑞士靶點預(yù)測：http://www.swisstargetprediction.ch/index.php[htt...
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8 注釋數(shù)據(jù)庫KEGG和GO注釋數(shù)據(jù)庫KEGG和GO KEGG KEGG數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址[https://www.genome.jp/kegg/] KEGG FTP服務(wù)器[ftp://ftp.genome.j...
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1 基因芯片到底是什么
因為之前總是看到基因芯片，但一直不知道這是個什么東西。就花了半個下午時間仔細研究了一下，做了一點筆記。特別不嚴謹?shù)慕忉專夯蛐酒褪前言S多不同的探針按照一定的順序固定在固相載...
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