基因家族擴(kuò)張或收縮，進(jìn)化樹(shù)1[http://www.itdecent.cn/p/8c6ef557cc71?from=singlemessage] 2[https://ww...
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基因家族擴(kuò)張或收縮 -
SCAU課堂 | 「比較基因組分析」專用 Docker 鏡像寫在前面 沒(méi)想到，上個(gè)選修課，準(zhǔn)備示例數(shù)據(jù)和鏡像上，竟然花了我三四天....主要原因還是，「網(wǎng)速太差」。搞七搞八，終于搞定。盡管整完之后，我其實(shí)擔(dān)心學(xué)生拿到這個(gè)使用文檔也不知...
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enrichplot||基因富集結(jié)果可視化解決方案enrichplot包實(shí)現(xiàn)了幾種可視化方法來(lái)幫助解釋富集結(jié)果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...
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BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中sseqid無(wú)法關(guān)聯(lián)到staxids的問(wèn)題blast本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建已經(jīng)是一個(gè)很繁瑣的事情了，比對(duì)NT或NR數(shù)據(jù)庫(kù)還是會(huì)遇到各種問(wèn)題：廢話少說(shuō)，先記錄一下本地構(gòu)建BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)： 下載安裝BLAST+的過(guò)程，并添加環(huán)...
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PASA（2.4.1）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問(wèn)題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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「生信」基因組功能注釋后的基因篩選目錄寫在前面功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)介紹方法一: 以KEGG的注釋結(jié)果為主, 篩選出每個(gè)品種包含的特異通路及基因方法二: 利用pfam的注釋結(jié)果, 過(guò)濾掉每個(gè)品種具有相同結(jié)構(gòu)域的基因,...
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宏基因組功能注釋（以COG為例）Contigs/Scaffolds序列經(jīng)基因預(yù)測(cè)、ORF開(kāi)放閱讀框識(shí)別（Open Reading fr ame）和蛋白翻譯之后，就可以進(jìn)行功能注釋分析了。我們將基因/蛋白序列...
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KEGG通路的從屬/注釋信息如何獲取
富集分析經(jīng)常做，之前只知道GO term有從上到下的層次關(guān)系，今天才知道KEGG pathway也有類似的分層關(guān)系。 起因是我準(zhǔn)備更新一下自己的kegg富集結(jié)果展示圖，之前一...
