這篇筆記是幾個視頻內(nèi)容的綜合，每個視頻里我只選取了幾張PPT。主講人舉例了一篇已經(jīng)發(fā)表的文章來進(jìn)行具體的流程分析。這篇文章里的外顯子數(shù)據(jù)分析基本是一個比較標(biāo)準(zhǔn)的流程。樣品是來...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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Broad Institue視頻筆記：Variant Calling with HaplotypeCaller -
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10X單細(xì)胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了，放假期間好好放松一下自己，但是我仍然記得大學(xué)老師說過的一句話，放假休息的同時，總結(jié)過去，展望以后，所以說假期是一個承前啟后的時間段，今天我們不講新的東西，而是回顧一...
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【r<-包】管理你的R包——pacman包介紹
Tyler W. Rinker & Dason Kurkiewicz翻譯：詩翔 pacman包是一個整合了基礎(chǔ)包library相關(guān)函數(shù)的包，用于更方便地對R包進(jìn)行管理。該包可...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進(jìn)行call variation之前的處理。??...
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WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報和腳本編寫，沒來的及接著往下寫文章，年前把這一塊寫了，然后再往下的分析流程就比較特異性了，做一步寫一步那種，相對于這種已經(jīng)常規(guī)化的流程（除了一些細(xì)節(jié)上的...
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bcftools 替代samtools 產(chǎn)生vcf
使用samtools 1.10 發(fā)現(xiàn)不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call 中有 -c -m 參數(shù) 理解是 -c 用來call...
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單細(xì)胞學(xué)習(xí)筆記最近在學(xué)單細(xì)胞測序，學(xué)習(xí)了B站生信技能書樹的單細(xì)胞教程，https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[https://www.bil...
