scDIOR 是一個(gè)用于在 R 與 Python 之間進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的工具。這個(gè)工具主要由兩個(gè)部分組成：一個(gè)是 R 的包 dior，另一個(gè)是 Python 的庫 diop...
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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使用scDIOR實(shí)現(xiàn)R與Python之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 -
在R中快速生成每一行都一樣的矩陣需求：有一個(gè)向量row_value，需要生成一個(gè)每行都為向量row_value的n_rows行矩陣。 方法一：使用rep和matrix函數(shù) 先使用rep()函數(shù)將向量row_...
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全網(wǎng)首發(fā)，用于單細(xì)胞ATAC分析的Socrates包Socrates是一款用于分析snATAC數(shù)據(jù)的R語言包，但是該包發(fā)表后并沒有引起多大水花，最直觀的就是，Github上該包的Issues只有10條，其中兩條還是本人最近貢獻(xiàn)...
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沒有人比我更懂R包安裝R語言包安裝的幾種方式 從CRAN（Comprehensive R Archive Network）中安裝，例如安裝ggplot2包install.package("ggpl...
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FastCopy——Windowns下加速備份組學(xué)大數(shù)據(jù)寫在開頭：雖然沒用ChatGPT的文案，但不得不說，他真的很會(huì)寫！??！ 前情提要： 本人最近在整理備份一些組學(xué)數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)量大，利用Windowns系統(tǒng)自帶的復(fù)制粘貼命令在不同...
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HiCUP安裝時(shí)遇到的陳年老BUGPS：本人今年4月份就安裝了HiCUP，但由于運(yùn)行時(shí)一直有問題，直到9月份才解決了這個(gè)bug。 HiCUP的安裝非常簡單，只需要從官網(wǎng)下載安裝包，解壓后賦予執(zhí)行權(quán)限即可 官網(wǎng)...
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用Python爬取某期nature雜志所有文章標(biāo)題
得到的結(jié)果如下： EditorialChatGPT is a black box: how AI research can break it openThe United K...
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@寒山夢(mèng)綺 不需要，從IWGSC上下載也一樣
小麥TxDb構(gòu)建
利用R包GenomicFeatures構(gòu)建小麥的TxDb 結(jié)果會(huì)在~/genome/ChineseSpring路徑下生成Triticum.aestivum.IWGSC.TxD...
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無痛從seurat遷移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，這里使用的seurat對(duì)象要求已經(jīng)run過runUMAMP()findCluster等函數(shù)，否則也沒有必要把seurat的結(jié)果弄到monocle3的cds對(duì)象里 1. ...
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用networkD3畫桑基圖
參考鏈接：https://r-graph-gallery.com/321-introduction-to-interactive-sankey-diagram-2.html[...
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您好，請(qǐng)問如果對(duì)于非模式生物，如果添加motif注釋呢
使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十二章)
本文首發(fā)于我的個(gè)人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-...
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您好，請(qǐng)問您在使用ArchR中的addMotifAnnotations()函數(shù)時(shí)有沒有用過自定義的motif文件呢？
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記12:Motif和Feature富集
系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961]A...
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單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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在Linux系統(tǒng)中實(shí)現(xiàn)R語言畫圖實(shí)時(shí)預(yù)覽在Linux中使用R語言時(shí)通常無法實(shí)時(shí)預(yù)覽畫圖結(jié)果，需要導(dǎo)出PDF傳到Windows下才能看，但畫圖過程中可能會(huì)頻繁調(diào)整參數(shù)來修改配色等其他設(shè)置，因此如果能夠?qū)崟r(shí)預(yù)覽R語言可...
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小麥TxDb構(gòu)建
利用R包GenomicFeatures構(gòu)建小麥的TxDb 結(jié)果會(huì)在~/genome/ChineseSpring路徑下生成Triticum.aestivum.IWGSC.TxD...
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小麥BSgenome構(gòu)建
安裝R包BSgenome 輸入文件1：2bit格式的基因組序列文件 輸入文件2：seed文件 BSgenome包內(nèi)置了某些基因組的seed文件，存在~/anaconda3/e...
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seurat對(duì)象處理Seurat是單細(xì)胞分析經(jīng)常使用的分析包。seurat對(duì)象的處理是分析的一個(gè)難點(diǎn)，這里我根據(jù)我自己的理解整理了下常用的seurat對(duì)象處理的一些操作，有不足或者錯(cuò)誤的地方希望...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合簡介 對(duì)兩個(gè)或兩個(gè)以上單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的整合分析提出了獨(dú)特的挑戰(zhàn)。特別是，在標(biāo)準(zhǔn)工作流下，識(shí)別存在于多個(gè)數(shù)據(jù)集中的基因可能存在問題。Seurat v4 包括...
