加載表達(dá)矩陣和生存數(shù)據(jù) 進(jìn)行l(wèi)asso回歸，找到最佳建模位置 再用得到的最佳的位置去建模 判斷預(yù)測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性 后面這段是補(bǔ)充，可以不用看了。。。 最后 感謝jimmy的生信...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘九：lasso回歸 -
R語(yǔ)言~高級(jí)PCA分析主成分分析，不只需要找到幾個(gè)虛擬但不知具體為何物的主成分因子，還需要知道我們提供的變量在各個(gè)主成分因子上的載荷（有正有負(fù)）和貢獻(xiàn)度，以及具體保留多少個(gè)主成分因子才能既盡量保留...
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CBNplot：將富集分析結(jié)果和臨床特征相關(guān)聯(lián)說(shuō)在前面 生信寶庫(kù)在之前的兩期推文：CBNplot：可視化富集通路中基因的調(diào)控關(guān)系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫(huà)的圖是比較新的，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation，自己想的，非專(zhuān)有名詞)，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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HRD 同源重組缺陷 基因檢測(cè)產(chǎn)品研發(fā)同源重組缺陷，具體概念自己去搜，不想重復(fù)。僅以此篇記錄下我這個(gè)因架構(gòu)調(diào)整被砍掉的項(xiàng)目（做了這么多年腫瘤相關(guān)的產(chǎn)品開(kāi)發(fā)，我要做點(diǎn)別的方向啦~做腫瘤做累了），希望能幫助到同樣在開(kāi)...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常見(jiàn)文件格式查看生信分析過(guò)程中的文件格式：除了原始測(cè)序數(shù)據(jù)fastq、fasta之外，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式。在分析的過(guò)程中還會(huì)有眾多中間文件的生成，如bed、...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] Seurat是分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)一個(gè)非常好用的包，自帶...
