報錯Warning in install.packages :package ‘clusterProfiler’ is not available for this vers...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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2025-01-25doBy包安裝報錯
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2024-12-31MOVICS包導(dǎo)入數(shù)據(jù)步驟 可以看出，brca.tcga中有以下幾個數(shù)據(jù)集 從sapply函數(shù)中可以看出幾個數(shù)據(jù)集行可不同，但列相同。那我們看看行，列分別代表什么 可以看出行...
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使用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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【R>>MOVICS】多組學(xué)+亞型秘密武器MOVICS包整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進行分析，其安裝的過程太讓人心酸，大家安裝的過程慢慢體會，下面就來學(xué)習(xí)下這個由“大魚海棠”老師開發(fā)的R包吧。 1.示例數(shù)據(jù) brca.tcga.R...
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2024-11-06安裝MOVICS包遇到的問題及解決方案
安裝MOVICS代碼devtools::install_github("xlucpu/MOVICS")但這個包非常復(fù)雜，安裝時遇到了好些報錯，解決方法如下： 那遇到這些提示沒...
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R 做多元邏輯回歸
邏輯回歸解決分類問題，第一步要先確定特征，自變量，因變量 用R 的glm，原始數(shù)據(jù)讀入 read.csv（）#第一行為列名，header=T，列名是各自變量 先分訓(xùn)練集和測試...
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R 做多元邏輯回歸邏輯回歸解決分類問題，第一步要先確定特征，自變量，因變量 用R 的glm，原始數(shù)據(jù)讀入 read.csv（）#第一行為列名，header=T，列名是各自變量 先分訓(xùn)練集和測試...
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glmnetGlmnet主要用于擬合廣義線性模型。篩選可以使loss達到最小的正則化參數(shù)lambda。該算法非常快，并且可以使用稀疏矩陣作為輸入。主要有線性模型用于回歸，logistic...
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Metascape寫在前面，有做廣告的嫌疑，哈哈，2019.4剛發(fā)表的，不過貌似每發(fā)表之前引用率超高，貌似專門針對david，不過david真的過時了，這個網(wǎng)站也是直接輸入基因列表，其他都不需...
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R語言ROC曲線包R語言有多種包可以畫ROC曲線，如比較出名的有ROCR包，pROC包等。如有2個以上變量，則可單獨畫在一張圖上，也可以變量為單位分開畫。下面主要講pROC包，也會提一下經(jīng)典的...
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基因集富集分析
基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 的基本思想是使用預(yù)定義的基因集，通常來自功能注釋或先前實驗的結(jié)果，將基因按照在兩類樣...
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用R語言進行相關(guān)性分析：畫出散點圖、擬合線及標(biāo)注相關(guān)系數(shù)和P值一. 讀取數(shù)據(jù) 因為我們一般自己錄的數(shù)據(jù)都是excel表格的，對于讀取excel，此處有一個小技巧 讀取excel方法 1.把excel文件另存為CSV文件 2.按照讀取cs...
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超好用的PubMed文獻查找管理插件—ScholarscopeScholarscope是17年下半年推出的一款更快，更穩(wěn)定的科研工具。它可以自動加載Pubmed期刊的影響因子，幫助用戶篩選信息，并添加基于Sci-hub的下載鏈接，功能強...
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變異信息那些事（上）劉小澤寫于18.12.31再次知識迭代：打算以上中下三篇來認(rèn)識一個新事物上篇：主要了解VCF的背景知識；一般我們會從WES的上游得到SNP、InDel等信息，這些重要的信息都...
