TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對(duì)進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評(píng)估，功能非常強(qiáng)大，要說(shuō)缺點(diǎn)，可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
發(fā)簡(jiǎn)信
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9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
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無(wú)偏估計(jì)今天學(xué)習(xí)到一個(gè)名詞，無(wú)偏估計(jì)。如何理解“不論總體服從什么分布，樣本均值是總體均值的無(wú)偏估計(jì)量”這句話，什么是無(wú)偏估計(jì)呢？ 均值的無(wú)偏估計(jì) 比如我們想知道一個(gè)群體的平均身高，但...
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ASMC計(jì)算位點(diǎn)溯祖時(shí)間ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的算法，相關(guān)文章發(fā)表在2...
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文獻(xiàn)閱讀：Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis這是2017年哈佛大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)教授Shamil R. Sunyaev發(fā)表在Science上的一篇文章。 背景 負(fù)選擇是自然選擇很重要的一種，通過(guò)剔除有害突變，保證物種不...
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學(xué)習(xí)tidyverse - 數(shù)據(jù)可視化(1)我學(xué)習(xí)的主要是這本書(shū)R for Data Science[https://r4ds.had.co.nz/index.html]. 上圖是我們處理數(shù)據(jù)的流程 導(dǎo)入：首先，必須將...
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Fastsimcoal2 模擬群體案例假設(shè)我們想模擬經(jīng)歷了以下群體演化歷史的群體樣本： 我們?cè)?popDNASFS.par文件中來(lái)描述這個(gè)群體演化歷史的過(guò)程，這個(gè)演化過(guò)程是時(shí)間回溯的，從下往上依次來(lái)描述這個(gè)過(guò)程：...
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D 統(tǒng)計(jì)量檢測(cè)遺傳滲入ABBA-BABA test ABBA-BABA 統(tǒng)計(jì)（也稱(chēng)為 D 統(tǒng)計(jì)）為嚴(yán)格二叉進(jìn)化歷史的偏差提供了一種簡(jiǎn)單而強(qiáng)大的測(cè)試。 因此，它們經(jīng)常用于使用基因組規(guī)模的 SNP 數(shù)...
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不完全譜系分選關(guān)鍵詞：祖先多態(tài)。 假設(shè)有兩個(gè)連續(xù)分支事件發(fā)生，一開(kāi)始產(chǎn)生了物種 A，然后是物種 B 和物種 C。 現(xiàn)在，假設(shè)ABC的祖先攜帶了我們所研究基因的2個(gè)不同的單倍型，可能湊巧在物...
