前言 最近在跑一個(gè)很大的數(shù)據(jù)集，大概有3500條以上的基因序列，因?yàn)閿?shù)量太大，跑樹有點(diǎn)搞不定，特此來記錄一下這個(gè)過程 超過3000個(gè)基因組iqtree直接跑斷直接跑了iqtr...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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生信log6細(xì)菌全基因組建樹|基于GTDB-KT抽單拷貝蛋白序列-iqtree2 && fasttree建樹
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7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖，用來描述物種（或材料、序列等）之間的分類和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典、直觀、有效的方法；...
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MEGA 構(gòu)建進(jìn)化樹步驟
【轉(zhuǎn)載】 分子進(jìn)化的研究對(duì)象是核酸和蛋白質(zhì)序列。研究某個(gè)基因的進(jìn)化，是用它的DNA序列，還是翻譯后的蛋白質(zhì)序列呢？序列的選取要遵循以下原則：1）如果DNA序列的兩兩間的一致度...
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MEGA 構(gòu)建進(jìn)化樹網(wǎng)絡(luò)上關(guān)于構(gòu)建進(jìn)化樹的教程非常多，這里只挑重點(diǎn)部分講解。 常見算法：Neighbor-Joining、Maximum Likelihood 1. 參數(shù)設(shè)置： Test of ...
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GATK4變異檢測(cè)（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
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Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq測(cè)序指南
Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq測(cè)序指南 github鏈接：harvardinformatics/ATAC-seq 參考文獻(xiàn)：ATAC-s...
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轉(zhuǎn)載ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
轉(zhuǎn)自：生信技能樹這是目前發(fā)現(xiàn)不錯(cuò)的ATAC系列，原作者在簡(jiǎn)書也有更新http://www.itdecent.cn/u/d5b900bea027 ATAC系列連載： ATAC...
