簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
IP屬地：遼寧
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù) -
seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn)WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場(chǎng)景 WGCNA分析實(shí)踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(1)：原始測(cè)序數(shù)據(jù)下載
前言 目前的課題是10X單細(xì)胞測(cè)序(植物方面)，之前已經(jīng)把所有的流程基本走過一遍，現(xiàn)在就將自己的學(xué)習(xí)過程整理成筆記給大家分享一下，我在學(xué)習(xí)單細(xì)胞分析的時(shí)候主要跟著單細(xì)胞天地的...
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生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(4)生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1)：數(shù)據(jù)讀入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7)/] 生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(4)：STAR與cellranger結(jié)果比較前言 本次主要使用Seurat比較STAR與Cellranger的輸出結(jié)果，只會(huì)進(jìn)行簡(jiǎn)單的聚類工作。 數(shù)據(jù)讀入 數(shù)據(jù)比較 根據(jù)箱線圖，直方圖和矩陣的基本信息，可以看到STAR...
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生信技能樹單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1)前言 最近有幸加入生信技能樹的單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘嘗鮮群[https://mp.weixin.qq.com/s/3XyA-DXRzL8JuJlnV3LW0Q],借此機(jī)會(huì)給大家分享一...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.itdecent.cn/p...
