Cytoscape 具有非?；钴S的app開發(fā)社區(qū)，有很多可視化和分析策略被包裝成APP的形式發(fā)表在其官網(wǎng)中，在網(wǎng)絡(luò)圖繪制中占有比較重要的一席之地?？梢杂糜谡故網(wǎng)GCNA，基因...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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Cytoscape 常用參數(shù)
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Seurat 計(jì)算線粒體基因比例時(shí)，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計(jì)算線粒體基因比例并添加到meta.data，但是我們?cè)谑褂?sce[["percent.mt"]] = Per...
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10X單細(xì)胞基礎(chǔ)+個(gè)性化合集2作者，Evil Genius 這一篇分享以下后三個(gè)部分 單細(xì)胞個(gè)性化分析之細(xì)胞通訊篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之CNV篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之轉(zhuǎn)錄因子篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之細(xì)胞通訊篇 ...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析---Scanpy（1）我們前面也分享過很多篇關(guān)于Seurat的使用，尤其是在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析上，今天我們來分享和學(xué)習(xí)另外一個(gè)和它齊名的工具：scanpy。也許有人會(huì)說單細(xì)胞分析使用Seurat，m...
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細(xì)胞分析的過程中，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對(duì)某一子集，重新畫圖等等。所以，我們首先需要對(duì)Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個(gè)基本的了解。 下面這個(gè)圖...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后，一般需要對(duì)查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性，進(jìn)行后續(xù)分析。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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R語言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息，見到的都是用行畫PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個(gè)函數(shù)，但這個(gè)函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時(shí)的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里，糾結(jié)了...
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Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群前言 關(guān)注生信寶庫(kù)時(shí)間比較久的小伙伴會(huì)發(fā)現(xiàn)，我們除了更新免疫相關(guān)的推文外，最多的就是單細(xì)胞研究相關(guān)的算法的文獻(xiàn)解讀了。最近有一位粉絲通過后臺(tái)和我們說能不能更新一些單細(xì)胞聯(lián)合b...
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Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式寫在前面 最近做圖的時(shí)候不會(huì)把umap圖分成實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組兩個(gè)對(duì)比的圖。問了同學(xué)說是需要把分組信息加到@meta.data里面。順便系統(tǒng)學(xué)下Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)格式。 參考：...
