本次文章和大家討論一個大家可能胡遇到很常見的一個問題，在測序中我們很難避免引入一些微生物污染或者人類的污染，例如，我想測序擬南芥，其中由于實(shí)驗(yàn)員的操作不夠干凈，很容易引入一些...
IP屬地：福建
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如何處理NGS數(shù)據(jù)中的污染？
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分享一個鑒定同源lncRNA基因的方法
文章鏈接為：《Computational prediction and experimentalvalidation identify functionally conser...
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R數(shù)據(jù)分組且合并重復(fù)的列
在用R語言做數(shù)據(jù)處理時，通常使用的數(shù)據(jù)類型是數(shù)據(jù)框（可類比于excel表格，這樣腦海中會有一個直觀的印象）。那么數(shù)據(jù)清理過程中就會需要做各種變化和統(tǒng)計，比如按某些變量來分組并...
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2023-09-21 PSMC可以評估有效群體大小的原因
介紹這個軟件的概念前，我需要先解釋一個概念最近共同祖先時間（the time since the most recent common ancestor，TMRCA）。當(dāng)我們...
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跟著Nature Ecology&Evolution學(xué)作圖:R語言ggmsa包展示多序列比對結(jié)果論文 https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability[https://www.nat...
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可視化系列【六】：跟著Nature?Communications學(xué)畫圖：棒棒糖圖不積跬步，無以至千里 本期我們嘗試復(fù)現(xiàn)2023年7月7日發(fā)表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
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線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的，...
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學(xué)做NAR圖表：ggraph做網(wǎng)絡(luò)圖最近在NAR上看到一篇文章： 原文網(wǎng)絡(luò)圖如下： 我們借此機(jī)會，通過ggraph作圖解析相關(guān)參數(shù)。詳細(xì)注釋代碼和參數(shù)已上傳QQ群文件！我做的圖如下，有一點(diǎn)問題，但不影響我們對這...
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復(fù)現(xiàn)NC文章華夫圖(方塊圖)-華麗展示實(shí)驗(yàn)樣本構(gòu)成樣本構(gòu)成是實(shí)驗(yàn)的開端，也是后續(xù)分析的基礎(chǔ)，所以樣本信息在論文中需要詳細(xì)展示，涉及到你實(shí)驗(yàn)的真實(shí)性和可重復(fù)性。一般樣本構(gòu)成可以使用AI做示例圖，有些臨床采樣，可以使用柱狀體的方...
