整個(gè)流程需要軟件：bwa+picard+gatk+annovar軟件的安裝與使用大家可以自行百度。。。。代碼如下： 代碼僅供參考請銘記馬克思主義活的靈魂：具體問題具體分析?。。?
發(fā)簡信
IP屬地：新疆
-
分享一段基因組測序數(shù)據(jù)比對和變異檢測的“代碼”
-
用Python和C語言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列簡單比對
這是DNA雙序列比對類型中最簡單的一種，要求輸入的兩條序列長度相同，通過運(yùn)行代碼給出兩條序列的比對得分 Python代碼如下 C語言代碼如下 如果有問題，歡迎大家和我一起討論！
-
用C語言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列滑動(dòng)比對DNA雙序列滑動(dòng)比對也是比較簡單的一種比對方式算法思想大概如下： 假設(shè)有兩條DNA序列：ATCGCAG 和ATC，那么進(jìn)行滑動(dòng)比對的過程如下1.以空位標(biāo)識符‘-’填充另一條序...
-
用Python和C語言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列全局比對（Needleman-Wnnsch算法）雙序列全局比對主要是依據(jù)Needleman-Wnnsch算法來進(jìn)行 整個(gè)過程分為三步1.設(shè)置一個(gè)矩陣：第一條序列長m,沿x軸排列，第二條序列長n，沿y軸排列2.設(shè)置打分矩陣，...
-
用Python和C語言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列局部比對（Smith-waterman算法）雙序列局部比對的算法和全局比對算法的步驟相似，只是賦值規(guī)則稍有不同，每個(gè)單元格的分值由前面對角線的分值和引入一個(gè)空位得到的分值的最大值決定，但是分值不能為負(fù)值，如果為負(fù)值，則...
-
對轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析以及注釋
隨著二代測序技術(shù)的高速發(fā)展，人們獲得了大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)序列如何從數(shù)據(jù)中挖掘具有生物意義的信息已經(jīng)成為很多研究的關(guān)鍵，對未知基因的功能進(jìn)行預(yù)測和注釋就是一個(gè)重要問題這篇文章主要...
-
Aspera下載SRA文件
Aspera用法如下： 一、 Aspera下載一個(gè)SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夾保存下載序列 Step 2：下載SRA文件到Seqs文件夾 二、 Aspera批...
