生信阿拉丁，為實(shí)用而生
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R: data.frame dist matrix轉(zhuǎn)換
matrix matrix > data.frame matrix > dist data.frame > dist dist > matrix原來(lái)的自我距離統(tǒng)一轉(zhuǎn)成0 di...
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啦啦啦，每天睡到自然醒吧
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R 常用微生物距離函數(shù)記錄
總結(jié)：第1、6、7距離算法較多，但是1計(jì)算距離前無(wú)法對(duì)原始OTU進(jìn)行hellinger轉(zhuǎn)換，相反6和7均可以，但是7操作步驟稍顯復(fù)雜，使用6更快捷方便ps：怎么做hellin...
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不斷學(xué)習(xí)，不斷忘記，不斷回顧，不斷進(jìn)步，這便是凡人的學(xué)習(xí)方式,或謂曰：Attention is all you need,but learning is all your attention.
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[R] 如何快速生成許多差異明顯的顏色？這個(gè)需求真的太常見(jiàn)了！注意問(wèn)題強(qiáng)調(diào)的幾個(gè)關(guān)鍵詞：一是快速，二是大量，三是差異明顯。在生成大量元素比較圖時(shí)要明顯區(qū)分不同樣本，比如宏基因組中的物種分析： 方法一：自定義 自定義...
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XCAVATOR檢測(cè)CNVXCAVATOR 軟件 檢測(cè)CNV的方法 當(dāng)前，檢測(cè)SV的主要方法有如下4種： 1.1 read count/depth of coverage (RC/DOC) 根據(jù)讀段在...
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@Silver_42ac conda 會(huì)自動(dòng)匹配適合的版本
GATK4 conda 安裝
conda 直接gatk并不完整，總會(huì)有問(wèn)題，這里提供摸索后的conda安裝解決方法 gatkcondaenv2 文件內(nèi)容
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根據(jù)gatkcondaenv.yml 中的版本填寫(xiě)就行了，我這里主要是 intel-openmp 版本與其它依賴沖突
安裝匯總遇到的版本不兼容，就把指定的版本號(hào)，如“intel-openmp=1.2” 改為 intel-openmpGATK4 conda 安裝
conda 直接gatk并不完整，總會(huì)有問(wèn)題，這里提供摸索后的conda安裝解決方法 gatkcondaenv2 文件內(nèi)容
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不再更新
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記錄自己一些代碼
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MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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生信博士生一枚，分享科研代碼，經(jīng)驗(yàn)。推文一般很長(zhǎng)，努力將一個(gè)問(wèn)題講全面，感謝你的耐心閱讀。
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diamond提速
安裝使用 比對(duì)nr庫(kù) 提速辦法 親測(cè)增加 --block-size 15 --index-chunks 1這兩個(gè)參數(shù)后速度提升10倍以上。 參考：使用DIAMOND將全基因組...
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連雨不知春去，一晴方覺(jué)夏深
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南京大學(xué)生物學(xué)，佛系更新~
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在寫(xiě)了（行數(shù)1，字?jǐn)?shù)0）。
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心有明月，諸事無(wú)悔。愿執(zhí)螢火，仰望星空。已轉(zhuǎn)生活號(hào)。
