@aa3a06a0be54 vxgzh：生命數(shù)據(jù)科學(xué)。回復(fù)關(guān)鍵詞有相應(yīng)的Rproject。最近畢業(yè)季，暫時(shí)不運(yùn)營平臺(tái)，抱歉
3.GEO的ID轉(zhuǎn)換已經(jīng)通關(guān)了如果不太清楚如何挖掘GEO數(shù)據(jù)庫的，可以先看1. 四文搞定GEO數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組差異分析之簡介[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0MDI4M...
該數(shù)據(jù)庫致力于收集、整理和提供規(guī)范化的miRNA命名信息，為學(xué)術(shù)界提供方便快捷的查詢工具。通過使用這個(gè)數(shù)據(jù)庫，研究者能夠迅速找到所需的miRNA在不同數(shù)據(jù)庫中的命名信息，避免...
是的嘞，很有道理，TCGA臨床原始文件基本到2013年就停止更新了，但是GDC后面幾年陸陸續(xù)續(xù)還有更新的隨訪數(shù)據(jù)，其實(shí)是不一樣的
TCGA數(shù)據(jù)庫 | 臨床數(shù)據(jù)不僅僅只有clinical.tsv其實(shí)經(jīng)常分析TCGA數(shù)據(jù)庫時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)，clinical.tsv中基本沒什么可用信息，大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是缺失的，那么，如何獲取比較全面的臨床數(shù)據(jù)，有哪些常用方法和數(shù)據(jù)庫，一塊來看看吧...
發(fā)不出來，得私信
KEGG數(shù)據(jù)庫 | 通路結(jié)果分類展示在做完KEGG通路富集之后，紛繁復(fù)雜的通路映入眼簾，略微有些雜亂無章，缺乏一個(gè)有序的排列，因此，本推送依據(jù)KEGG一級(jí)類目，將不同的通路歸納總結(jié)，分類排列，使結(jié)果更加規(guī)整，幫...
好久不見， 最近一直沒更新， 日更幻想破滅了， 不過還是很開心， 建庫成功了 建庫背景： 又逢一年畢業(yè)季， 每次引文都要一篇一篇復(fù)制粘貼去Pubmed或者谷歌學(xué)術(shù)上查， 再復(fù)...
手敲一篇推文，昨天搭了個(gè)數(shù)據(jù)庫，主要用于存放和檢索PubMed中出現(xiàn)過的數(shù)據(jù)庫~ 地址： https://haoran-chen.shinyapps.io/Database_...
其實(shí)經(jīng)常分析TCGA數(shù)據(jù)庫時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)，clinical.tsv中基本沒什么可用信息，大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是缺失的，那么，如何獲取比較全面的臨床數(shù)據(jù)，有哪些常用方法和數(shù)據(jù)庫，一塊來看看吧...
在STRING數(shù)據(jù)庫中提交基因，獲取PPI網(wǎng)絡(luò)是比較常規(guī)的操作，包括下游使用cytoscape進(jìn)行美化和hub網(wǎng)絡(luò)的提取，但過程還是比較麻煩，本期介紹通過R語言來挖掘STRI...
今天又是學(xué)習(xí)的一天，學(xué)習(xí)了用R自制服務(wù)器生信小程序，想想以前實(shí)習(xí)學(xué)了兩周的perl，真是時(shí)光催人老。 其實(shí)想要把R腳本變成鍵入式的小程序也很簡單，只需在R腳本下添加參數(shù)： 然...
在GEO檢索時(shí)，總能見到一些奇怪命名的樣本，這或許與測(cè)序時(shí)的脫敏相關(guān)，但這也給后續(xù)數(shù)據(jù)使用時(shí)的篩選帶來不便，本期主要介紹一個(gè)數(shù)據(jù)庫，能大大提高樣本篩選時(shí)的效率 1. 擬解決的...
本系列主要定期集中記錄一些實(shí)用的生信操作 1. 第一列作為行名，構(gòu)建數(shù)值矩陣 假如我剛讀取了一個(gè)表達(dá)譜矩陣gene_exp，第一列為基因名，其余列為基因表達(dá)量 然后就可以將第...
我個(gè)人看法，不一定對(duì)哈，首先，GSEA和GSVA不是一回事，不能放在一起說。 GSVA主要是通過感興趣的基因集來劃分樣本，有樣本基因表達(dá)譜和一個(gè)感興趣的基因集的情況下選GSV...
基線表顯示了研究中包含的研究對(duì)象的特征。根據(jù)研究設(shè)計(jì)，它們可能有特定目的，但通常它們顯示所包含的人群是否符合研究的資格標(biāo)準(zhǔn)。它們還表明結(jié)果可以推廣到哪些人群。在病例對(duì)照研究中...
前段時(shí)間，Rstudio宣布了更新，同時(shí)也改名成了Posit，功能更新的不多，但這個(gè)趨勢(shì)確實(shí)給了我們一個(gè)提醒，同時(shí)對(duì)于有作圖需求的小伙伴，我覺得還是很有幫助的~ 安裝地址：h...
