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用mummer畫圖吧，可以按自己想要的順序，dotplotly會自動排序設(shè)置不了，除非自己修改腳本
dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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基因組太大，共線性，minimap比對調(diào)整-f，nucmer調(diào)整-c，不易爆內(nèi)存??
dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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修改dotPlotly腳本，加上expand=c(0,0) 這句話 scale_x_continuous(breaks = cumsum(as.numeric(chromMax)),
labels = levels(alignments$refID),expand = c(0, 0))dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化
最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESeq2要求矩陣是沒有標(biāo)準(zhǔn)化的。D...
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dotPlotly－Minimap2比對paf文件比對可視化最近進(jìn)行基因組共線性分析，基因組比較大，利用nucmer比對報內(nèi)存，改用minimap2進(jìn)行比對分析，進(jìn)行可視化發(fā)現(xiàn)dotPlotly[https://github.com/...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名稱gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式，一共是9列，依次為基因組序列id，注釋來源，類型，起始位置，終止位置，得分，正負(fù)鏈，相位，屬性?；蚪Y(jié)構(gòu)注釋文件中，基因包...
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MNIST數(shù)據(jù)集介紹及讀取2019.2.23 星期六 多云 biolearn MNIST數(shù)據(jù)集是機器學(xué)習(xí)領(lǐng)域中非常經(jīng)典的一個數(shù)據(jù)集，由60000個訓(xùn)練樣本和10000個測試樣本組成，每個樣本都是一...
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線性回歸原理以及Python實現(xiàn)2018.12.9 星期天 陰 biolearn在統(tǒng)計學(xué)中，線性回歸是利用線性回歸方程對一個或多個自變量和因變量之間的關(guān)系進(jìn)行建模的一種回歸分析方法，只有一個自變量的...
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奇異值分解原理及Python實例2018.11.28 星期三 晴 biolearn 奇異值分解 SVD（Singular Value Decomposition）是一種重要的矩陣分解方法，可以看做是特...
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使用cd-hit對蛋白質(zhì)或核酸序列進(jìn)行聚類
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白質(zhì)序列或核酸序列聚類的工具，根據(jù)序列的相似度對序列進(jìn)行聚類以去除冗余的序列，一般用于構(gòu)建非冗余...
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使用Henikoff框架對序列進(jìn)行權(quán)重的原理和計算方法
2018.7.28 星期六 晴 biolearn 通過blast、hhblits或者其他方式構(gòu)建的多序列比對（MSA）都存在大量的冗余，這些冗余的序列導(dǎo)致多序列比對的多...
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R語言—ggplot2畫圖如何使用分面原創(chuàng) 2018.6.2 星期六 晴 biolearn 兩種方法：使用 facet_grid() 或 facet_wrap() 函數(shù) 1. facet_...
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R語言—ggplot2畫圖如何截斷 y 軸原創(chuàng) 2018.5.31 星期四 小雨 biolearn 如何利用 R 實現(xiàn)從 A 圖到 B 圖？ 只需要三步，畫下面一半，畫上面一半，拼起來即可 1. 畫下面一半...
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使用rsync下載PDB數(shù)據(jù)庫
2018.5.28 星期一 多云 biolearn 從PDB數(shù)據(jù)庫下載復(fù)合物的結(jié)構(gòu)有兩種方式，一是直接通過網(wǎng)頁檢索下載，二是使用rsync從PDB ftp端下載。 下載指...