1. matrix.mtx ??做過10xGenomics單細胞轉錄組的人都知道cellranger的標準輸出是三個文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
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單細胞轉錄組||matrix.mtx說明（cellranger與kallistobustools的不同之處）
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ReactomeDB 和KEGG兩個數據庫的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 區(qū)別1. 首先查看KEGG數據庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細說明查看如何拿到 KEGG數據庫的 hsa04650 Natural...
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幾款計算測序深度和覆蓋度的軟件或模塊1. BAMStats BAMStats是一款從BAM文件中計算覆蓋度和其他數據，并生成這些數據的描述性統(tǒng)計的工具 1.1 安裝 1.2 使用 java -jar BAMSt...
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GISTIC2.0安裝與使用（2019）在一年前剛開始認識GISTIC這個軟件的時候，我寫過一篇文檔記錄安裝過程。 Google搜索的第1個中文信息就是（2018年，現在不是，文章現在已經有過千次的引用啦~）。 實...
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重新認識TBtools，減少你的生信分析煩惱（20190422）寫在寫在前面的前面 或許，沒有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完這個推文，或許你就知道了其中的一部分。 寫在前面 TBtools對外開放兩年多，不時會有熟悉的不...
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RNA-seq(6): reads計數，合并矩陣并進行注釋任務 1.實現這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。2.需要用腳本合并所有的樣本為表達矩...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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RNA-seq(8): 探索分析結果:Data visulization寫在前面： 這部分主要做一些數據可視化，富集分析暫時放下一部分，如果想跳過這里，請直接移步RNA-seq(9):富集分析[http://www.itdecent.cn/p/...
