KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個(gè)軟件(或數(shù)據(jù)庫(kù))，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
IP屬地：臺(tái)灣
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KEGG pathway 注釋整理
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)
signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫(kù)CancerSEA - 癌癥單細(xì)胞KIT（腎臟單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)）：http://humphreyslab.com/SingleCel...
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第九章 通過Snakemake實(shí)現(xiàn)流程自動(dòng)化 Pipeline Automation via Snakemake
介紹 憑借經(jīng)濟(jì)高效的全基因組測(cè)序和廣泛公開的數(shù)據(jù)，新一代生物信息學(xué)方法進(jìn)入了超高通量領(lǐng)域。例如，最近發(fā)表的覆蓋度超過30x的 10 多個(gè)小麥基因組的組裝或用泛基因組取代單一參...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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單細(xì)胞類型鑒定--- cell marker gene
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
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玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞(3)：堆疊柱狀圖添加比例
每次解決一個(gè)小問題，久而久之，你就解決了一個(gè)大麻煩： 單細(xì)胞比例的展示，常見的是堆疊柱狀圖，但是有一個(gè)小問題，比較上不明顯，那么如果將文字比例添加到圖上，那么就一目了然了。使...
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單細(xì)胞軌跡分析之應(yīng)用篇作者，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細(xì)胞軌跡分析當(dāng)回事，拿到樣本不定義直接跑monocle，這能對(duì)么？我看了都著急，基本理論要多多學(xué)習(xí)啊~~~，網(wǎng)...
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細(xì)胞技術(shù)正在加強(qiáng)我們對(duì)細(xì)胞本身的理解。什么是細(xì)胞類型，不就是基因選擇性表達(dá)的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達(dá)受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，在這個(gè)意義上，細(xì)胞命運(yùn)背后的驅(qū)動(dòng)力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
