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小RNA分析軟件
小RNA分析軟件 新miRNA預(yù)測 mireap mirdeep2 miRDeep-P/miRDP miRDP2 miR-PREFeR Shor...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過濾數(shù)據(jù)，然后利用 ...
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picrust2 預(yù)測功能PICRUSt2 PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstr...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KE...
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構(gòu)建非冗余rRNA數(shù)據(jù)庫
構(gòu)建非冗余rRNA數(shù)據(jù)庫 參考riboPicker官網(wǎng)文檔。 下載并安裝riboPicker 主要為了使用該軟件自帶的格式化腳本; 自帶的bwa...
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生物信息分析常用文件格式和軟件
生物信息分析常用文件格式和軟件 文件格式 數(shù)據(jù)格式 fastq fasta 注釋 gtf gff bed bcf 比對格式 sam bam 工具...
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bioconda channel設(shè)置如果要使用conda安裝生物信息學(xué)軟件，就需要設(shè)置bioconda軟件源。下面是官方給出的設(shè)置方法： 在國內(nèi)建議使用中科大的源，設(shè)置命令如下， ...
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fasta/fastq序列長度分布統(tǒng)計(jì)首先得到每條序列的長度，在這里使用seqkit軟件。seqkit軟件是一個強(qiáng)大的序列處理工具，安裝方法參見官方網(wǎng)站.代碼如下： 結(jié)果如下所示： ...
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STAMP分析擴(kuò)增子測序組間差異STAMP軟件安裝 軟件官網(wǎng)http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP 1. Microsoft Windows系...