file.vcf文件如下所示，包含兩個樣本、四個變異位點(diǎn)： 現(xiàn)在我想把數(shù)字基因型變成字母基因型，比如對于rs1 ，我希望0|0變成GG，1|0變成AG； 對于此需求，要用到c...
IP屬地：貴州
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使用 PLINK 把 vcf 的0/0,0/1,1/1轉(zhuǎn)為字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對GWAS（genome-wide association study, 全基因組關(guān)聯(lián)分析）大家應(yīng)該比較...
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「摸魚快報(bào)009」可能是迄今為止最全的R語言學(xué)習(xí)手冊了!big book of R摸魚快報(bào)是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質(zhì)生物信息學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 日常逛推, 發(fā)現(xiàn)有個關(guān)注了的大叔發(fā)了一個關(guān)于R的內(nèi)容. 好奇點(diǎn)進(jìn)去...
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「摸魚快報(bào)010」一個基于低覆蓋度的全基因組測序的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析教程摸魚快報(bào)是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質(zhì)生物信息學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 項(xiàng)目地址:https://github.com/nt246/lcw...
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使用 KaKs Calculator 計(jì)算 KaKs 的衍生問題解答
1 是否需要去除 gaps 和終止密碼子 KaKs Calculator 的操作文檔寫著會去除 gaps 和終止密碼子： 當(dāng)然，強(qiáng)迫癥的我還是用數(shù)據(jù)測試了一下，確認(rèn)他們是否會...
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GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識與前期準(zhǔn)備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq varia...
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基于單體型haplotypes的群體選擇信號的檢測——EHH & iHS
基于單體型haplotype的選擇信號的檢測。在selective sweeps選擇過程中，有些強(qiáng)烈受到選擇的位點(diǎn)variants由于LD的因素會連帶著其附近的位點(diǎn)varia...
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推薦一份系統(tǒng)發(fā)育分析的教程對應(yīng)的github主頁 https://github.com/mmatschiner/tutorials[https://github.com/mmatschiner/tut...
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